В 1689 г. на короткое время снова был арестован. За успехи на дипломатическом поприще в 1698 г. получил титул доверенного лица султана, «тайного советника». Как османский полномочный представитель Александр Маврокордат много сделал для достижения соглашения между Османской империей и Священной Лигой (Габсбургская монархия, Речь Посполита, Венецианская республика и Россия), утверждённого Карловицким мирным договором 1699 г. Благодаря Александру Маврокордату в австро-турецкий договор вошла 13-я статья, обязывающая турок не притеснять монахов. Он настоял на том, чтобы вопрос о контроле над святыми местами в Иерусалиме не включался в договоры с иностранными державами, пытаясь таким образом предотвратить распространение французского влияния. Роль Александра Маврокордата в русско-османских дипломатических переговорах и в сношениях с Константинопольским патриархатом остаётся недостаточно изученной. Вернувшись в 1665 г. в Константинополь, он поддерживал контакты с жившим в Москве Газским митрополитом Паисием Лигаридом, назначенным патриаршим экзархом. В переписке с ним Александр Маврокордат, уповая на мудрость газского владыки, выражал надежду на решение «долголетней тяжбы» (дела патриарха Никона) и ходатайствовал об определении царского жалованья его матери (Российский государственный архив древних актов). Роксандра прислала русской царице в подарок драгоценную панагию и перстень в надежде получить в ответ царское пожалованье на приданое своим трём дочерям, об этом же просил Алексея Михайловича и Константинопольский патриарх Дионисий III (Российский государственный архив древних актов). Позже Александр Маврокордат принимал участие в переговорах Высокой Порты с Россией: ему принадлежит латинский перевод письма к царю Фёдору Алексеевичу от великого везира о заключении мира (Российский государственный архив древних актов), в качестве «переводчика могущественной царственности» он подписал греческий текст договора о взаимном признании границ между Россией и Османской империей 1682 г., заключённый после окончания Русско-турецкой войны 1672–1681 гг. (Российский государственный архив древних актов). В 1685 г. также участвовал в переговорах о переходе Киевской митрополии под юрисдикцию Московского патриарха. В Адрианополь, к Александру Маврокордату, с царскими письмами приехал грек Зофир (Захарий) Иванов, посланный от московского двора к Константинопольскому патриарху, чтобы начать переговоры о Киевской митрополии. По сообщению Зофира Иванова, патриарх отправил его с грамотами к Александру Маврокордату, который счёл несвоевременной передачу юрисдикции над Киевом Московскому патриарху (Российский государственный архив древних актов).