В августе-сентябре 1900 г. в скиту был составлен проект каменной пристройки к храму Иоанна Предтечи, который Макарий отклонил. Вскоре по благословению архиерея в скиту началось возведение нового каменного храма во имя Катанского епископа Льва и преподобного Иоанна Рильского (Рыльского). В 1900 г. Макарий одобрил текст жизнеописания преподобного Амвросия (Гренкова), составленного его учеником схиархимандритом Агапитом (Беловидовым). 8 июля 1901 г. Макарий возглавил торжества по поводу возведения Шамординской общины в общежительный Шамординский Амвросиев в честь Казанскойиконы Божьей Матери женский монастырь, а также возвёл монахиню Евфросинию (Розову) в сан игуменьи. 9–11 июля того же года, вероятно, в последний раз, епископ побывал в Оптиной пустыни, возглавил служение всенощного бдения и Божественной литургии, долго общался со старцами и с братией. С особым уважением к Макарию относились преподобный Иосиф (Литовкин) и схимонах Геннадий (Туманов). 10 июля 1901 г. император Николай II утвердил доклад Синода об увольнении Макария на покой по собственному желанию и по «преклонности лет». Согласно летописи оптинского скита, «вся братия единодушно» сожалела об увольнении Макария, «некоторые из близко стоявших к нему духовных лиц» утверждали, что епископ был «деятелем высокой духовной молитвы». 16 июля Калужская городская дума постановила в память о Макарии учредить по одной стипендии его имени при местных мужской гимназии и реальном училище для беднейших учеников. 19 июля в Крестной архиерейской церкви калужское духовенство подарило Макарию на память икону Христа Спасителя (епископ любил Калужскую землю, посвятил ей и её пастырям несколько циклов стихотворений). В 1901 г. Макарий посетил Киево-Печерскую лавру, 12 января 1902 г. вместе с Каневским епископом Сильвестром (Малеванским) участвовал в отпевании и погребении старца преподобного Ионы (Мирошниченко). В ноябре 1902 г. Макарий поселился в белёвском в честь Преображения Господня монастыре на правах настоятеля. Тульский и Белёвский епископ Питирим (Окнов) направил в Белёв синодальный указ с резолюцией: «Радуюсь за град Белев, в коем будет иметь жительство святитель добрый и молитвенник» (Государственный архив Тульской области). С 1903 г. Макарий состоял попечителем Белёвской школы псаломщиков, в воскресные и праздничные дни совершал богослужения и в обители, и в других белёвских храмах, особенно любил Макариев Жабынский в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы монастырь, в котором совершил несколько рукоположений. По воспоминаниям законоучителя Белёвского реального училища, Макарий посещал многих горожан «на дому, не взирая ни на звание, ни на состояние». Современники писали о простоте и «сердечной мягкости» в общении архиерея с духовенством и паствой. Он обладал «тем драгоценным качеством характера, которое свойственно далеко не многим, а именно – верой в человека, в лучшие стороны его души, в возможность исправления даже закоренелого во зле и огрубевшего сердца». Многочисленные Слова, беседы и стихотворения Макария отличались «теплотою чувства». 24 марта 1885 г. Макарий был награждён орденом святого князя Владимира третьей степени, а 14 мая 1896 г. – орденом святого князя Владимира второй степени «за отлично-усердное служение». 4 июля 1906 г. Калужский и Боровский епископ Вениамин (Муратовский) в кафедральном соборе отслужил по Макарию панихиду. 5 июля того же года состоялось погребение Макария в соборе белёвского Преображенского монастыря, которое возглавил епископ Тульский и Белёвский Лаврентий (Некрасов).