Треть населения Оренбургской губернии составляли «инородцы» (башкиры, татары, киргизы, мордвины, чуваши, черемисы, калмыки, немцы, цыгане). В день закладки Казанского собора в Городской думе на торжественном обеде Макарий высказал пожелание более активной помощи миссионерскому делу в губернии. Инициативу епископа поддержал купец С.М. Иванов, который внёс пожертвование 1 тыс. руб. серебром. 8 ноября 1886 г. Макарий открыл Оренбургское епархиальное Михаило-Архангельское братство, которое занималось устройством школ в православно-инородческих приходах с соблюдением основ обучения, заложенных Николаем Ивановичем Ильминским, с преподаванием предметов и совершением богослужений на инородческих языках. Председателями братства стали Макарий, оренбургский губернатор и атаман Оренбургского казачьего войска генерал-майор Владимир Иванович Ершов. В состав совета входили ректор Оренбургской духовной семинарии протоиерей Фёдор Алексеевич Дмитровский, Оренбургский вице-губернатор генерал-майор Асинкрит Асинкритович Ломачевский, тайный советник Аполлон Дмитриевич Холодковский, кафедральный протоиерей Николай Степанович Сперанский, священники и купцы. Для совещаний по учебным делам, касающимся братских школ, в совет приглашались преподаватели и учителя. Братство издавало брошюры, книги, печатные листы, заботилось об устройстве миссионерских школ и библиотек. Впрочем, 8 марта 1887 г. ученик Н.И. Ильминского инспектор инородческих школ Оренбургского учебного округа Василий Владимирович Катаринский писал: «Наш преосвящ. Макарий хочет устроить в Оренбурге миссион[ерскую] школу (вроде Казанского миссион[ерского] приюта) для приготовления миссионеров среди башкир и киргиз... к сожалению его, денег нет, и людей для этого не будет». По инициативе Макария учреждалось отделение Киргизской духовной миссии в Тургайской области, начальниками которой назначались священники, свободно владевшие тюркскими языками: с 1894 г. – Николай Николаевич Одигитриевский, с 1896 г. – Фёдор Демидович Соколов. В 1896–1897 гг. в северной части Тургайской области были открыты Макарьевский и Александровский станы, окормлявшие уезды Кустанайский и Актюбинский. При станах в трёхклассных школах обучение велось на русском языке. По просьбе Макария центральным советом Православного миссионерского общества в Москве стали ассигноваться крупные суммы на содержание и разъезды сотрудников миссии, выдачу новообращённым денежных пособий, крестиков, икон, книг и денег на другие нужды. Архиерей предложил по примеру Томской епархии открывать в Казахской степи миссионерские станы в качестве опорных пунктов для распространения и поддержания православия (см. Киргизская духовная миссия Русской православной церкви). В 1887 г. казначей Оренбургского епархиального попечительства о бедных духовного звания священник М. Руднянский поднял вопрос о «бесприютном и беспомощном» положении 30 вдов и сирот Оренбургской епархии и предложил учредить для них при монастырях особые приюты с платой за каждого призреваемого по 30 руб. в год. 4 августа 1887 г. это предложение поддержал Макарий, однако данный проект так и не был осуществлён.