Таким образом, «Номоканон» был признан главным каноническим сводом Индийской церкви, хотя на практике она руководствовалась преимущественно сложившимися традициями (расхождение в отношении редакций «Номоканона» между сторонниками подчинения патриарху и поборниками независимости сохранилось и в XX в. в связи с обособлением Маланкарской церкви  в 1934 г.). В 1888 г. община реформистов образовала Малабарскую сирийскую евангелистскую ассоциацию Мар Фомы (ныне Сирийская Малабарская Церковь Мар Фомы). В 1889 г. Королевский суд вынес решение о подчинении Индийской церкви яковитскому патриарху только в духовных вопросах при её административно-финансовой независимости. Однако патриарх претендовал на бóльшие полномочия, и это решение не соблюдалось. Маланкарский митрополит Геваргезе Мар Дионисий VI (ум. в 1934 г.; канонизирован Маланкарской церковью в 2003 г.) выступил против такой практики и не дал подписку о полном подчинении Антиохийскому патриарху Абдаллаху II (1906–1915 гг.), избранному на место низложенного турецким правительством Абдулмасиха II. Тогда Абдаллах II в 1911 г. отлучил митрополита Дионисия VI и поставил на его место Мар Кирилла Павла (ум. в 1917 г.), которого затем сменил Мар Павел Афанасий (ум. в 1953 г.). Эти действия не признали законными ни Христианский сирийский совет, ни дистриктный суд Тривандрама (штат Керала), который в 1919 г. вынес решение в пользу митрополита Дионисия VI. Таким образом, он оставался фактическим главой Индийской церкви, несмотря на то, что в 1912 г. низложенный патриарх возродил древний титул католикоса Востока, которым наделил митрополита Канданадского с именем Мар Василий Павел I. После смерти католикоса (1914 г.) престол оставался вакантным до 1925 г., когда уже сам Дионисий VI с двумя другими митрополитами возвёл в этот сан Коттаямского митрополита Геваргезе Мар Филоксена с именем Мар Василий Геваргезе I (ум. в 1928 г.). В 1930 г. несколько человек из партии католикоса (два епископа, священник, диакон и мирянин) были приняты в Римско-католическую церковь, что положило основание Сиро-Маланкарской католической церкви. В следующем году Антиохийский патриарх Илия III в ходе визита в Индию аннулировал отлучение Дионисия VI, отказавшись при этом признать католикосат. В 1934 г. церковный совещательный орган «Сирийская христианская ассоциация» принял устав Маланкарской церкви  и утвердил её современное официальное название. В 1938 г. была учреждена первая епархия Маланкарской церкви  за пределами штата Керала. В 1958 г. Верховный суд Индии закрепил правовой статус только за группой католикоса. В том же году Антиохийский патриарх Иаков III Мар Игнатий признал католикоса Мар Василия Геваргезе II (ум. в 1964 г.) главой Маланкарской церкви, и таким образом раскол был преодолён до 1975 г., когда патриарх отстранил католикоса Мар Василия Оугена I и назначил главой церкви митрополита Мар Филоксена с именем Мар Василий Павел II (ум. в 1996 г.). Группа католикоса не приняла этого назначения и выбрала предстоятелем Василия Мар Фому Матфея I (ум. в 1991 г.). При его преемнике Василии Мар Фоме Матфее II (ум. в 2006 г.) Верховный суд Индии в 1995 г. постановил, что церковный устав 1934 г. распространяется на обе группы внутри единой автокефальной церкви, законным главой которой является католикос, тогда как патриарх выполняет функцию духовного предстоятеля.