Другим препятствием стало совместное пользование многими церковными зданиями для богослужений сиро-католиками и сиро-яковитами (двадцать церквей к середине XVIII в.), которое прекратилось лишь спустя столетие. В начале XVIII в. представитель католикоса-патриарха Илии XI митрополит Азербайджанский Гавриил вернул в лоно Церкви Востока 42 католических прихода, которые после его смерти (1730 г.) присоединились к яковитской общине. Во второй половине XVIII в. среди индийских яковитов произошёл Аннурианский раскол, в результате которого на территории британской колонии была основана Малабарская Независимая Сирийская Церковь Тхожийура западно-сирийского обряда. Из-за борьбы правителя княжества Майсур Типу Султана (1750–1799 гг.), проводившего исламизацию на подвластных территориях, с раджой княжества Траванкур, поддерживаемого британскими колониальными силами, христиане-яковиты перенесли свой церковно-административный центр из Ангамали в Коттаям. В 1812 г., по сообщению Мар Фомы VIII, его община имела 55 церквей, 167 священников и насчитывала около 30 тыс. верующих. С приходом англичан в конце XVIII в. возросло влияние Миссионерского общества Англиканской церкви на Маланкарскую церковь. Предложение миссионеров провести ряд церковных реформ вызвало негативную реакцию значительной части общины и таким образом способствовало её окончательному переходу на западно-сирийский обряд. Официально приверженность к антиохийской богослужебной традиции (как и признание власти Антиохийского патриарха) была выражена в постановлении Собора 1836 г. в Мавеликаре (штат Керала). Группа реформистов во главе с митрополитом Мар Афанасием Матфеем, рукоположённым Антиохийским патриархом Илией II (ум. в 1847 г.), при поддержке британских колониальных властей вступила в противостояние с митрополитом Чеппадом Мар Дионисием IV, после кончины которого (1855 г.) конфликт продолжился с участием его преемника Мар Дионисия V. Для урегулирования ситуации Индию в 1875–1877 гг. посетил патриарх Пётр IV. В 1876 г. он созвал в Мулантхурутхи (штат Керала) Собор из представителей 103 приходов, признававших Мар Дионисия V (сторонники Мар Афанасия Матфея от участия в Соборе отказались). Патриарх отлучил Мар Афанасия Матфея и ослабил власть митрополита Дионисия, учредив Христианский сирийский совет с административной комиссией для управления церковью и разделив общину на шесть епархий, фактически не зависимых от митрополита, для которых в 1876–1877 гг. сам рукоположил архиереев; в их числе был Ниранамский митрополит Геваргезе Мар Григорий (1848–1902 гг.), первый святой индийского происхождения, канонизированный Маланкарской церковью (1947 г.). В ходе конфликта патриарха Петра IV и митрополита Дионисия V с Мар Афанасием Матфеем обе стороны, отстаивая свою правоту перед светскими властями, апеллировали к «Номоканону» Григория Бар Эвройо, лежащему в основе канонического права Сирийской яковитской церкви, но использовали две его разные редакции, которые, в частности, расходились по вопросу о праве патриарха самостоятельно (без Синода) низлагать митрополитов.