По мнению Льва Александровича Дмитриева, после 1618 г. Макарий написал Житие праведного Артемия Веркольского (ум. в 1545 г.) со сказанием о его посмертных чудесах, которые с 1605 г. записывались со слов самих исцелённых. Исследователям известны два частных письма Макария. В послании от июня 1618 г. воеводе князю Дмитрию Мамстрюковичу Черкасскому Макарий просил позаботиться о софийских детях боярских, посланных «на перемену» на государеву службу. В недатированном (около 1620 – 1621 г.) письме патриарху Филарету, содержащем мнение Макария о пещном действе, митрополит отмечает: «...Да была, государь, у нас речь, как мы все были на Москве, о пещном действе. И ты, государь, о том, что нам укажешь, а нам мнитца, что опрочь позору ничево» (Читальный зал Санкт-Петербургского института истории РАН). Сохранились документы формального характера, составленные Макарием и имеющие следы его авторской правки: отписка воеводе П.И. Чихачёву (1614 г.), благословенная грамота диакону Онисифору (1618 г.), послание к православному духовенству в Корелу (1619 г.). В окружной грамоте от 5 февраля 1626 г. игумену Тихвинского монастыря Вассиану о бракосочетании царя с Евдокией Лукьяновной Стрешневой Макарий предписывал «соборно и келейно» молиться «о царском здоровье и плодовитости», а также посылать к царю «с образы и с дары… из монастырей старцов или слуг... а сами б игумены для дальнего пути с образы и с дары не ездили». Будучи на Новгородской кафедре, Макарий живо интересовался внутренними делами и монашеским бытом насельников Соловецкого в честь Преображения Господня мужского монастыря. Исследователям известно о пяти грамотах Макария по данным вопросам в обитель. В тексте Вычегодско-Вымской (Мисаило-Евтихиевской) летописи сохранилось прямое указание на то, что Макарий контролировал составление летописей. В статье 1619 г. сообщается, что после смерти священников Мисаила и Евтихия «владыко Макарий Вологоцкий и Великопермский писати не велел малым попам и причтовым людем ни по что». Дмитрий Семёнович Бабкин атрибутировал Макарию первое русское пособие по теории красноречия («Книги суть риторики двои потонку в вопросех списаны…»). Однако единственным основанием для такой атрибуции была писцовая запись на списке «Риторики» (Российская государственная библиотека): «Написася в лето 7131 [1623] февраля в 8 день с книги преосвященного митрополита Макария богоспасаемых градов Великого Новаграда и Великих Лук. Подажь ему, Христе, во общую ползю непобедимыя Ти десница помощь. Аминь». Остальные аргументы в пользу Макария как автора этой книги не подтвердили исследования редакций текста и почерковедческая экспертиза (к настоящему времени автор «Риторики» не установлен). Перед смертью Макарий сделал вклад в 50 руб. на вечное поминание в Троице-Сергиев монастырь. Согласно «Описанию новгородской святыни» времени правления митрополита Новгородского Киприана (Старорусенкова; 1626–1634 гг.), Макарий был похоронен в западном притворе («Корсунской паперти») новгородского Софийского собора.