В ноябре 1622 г. в новой царской грамоте дополнительно разъяснялась необходимость осуществлять духовное руководство священниками бывших русских городов, но при этом запрещалось принимать людей «безъявочно». В той же грамоте речь идёт о восстановлении церкви пророка Илии в Иломенском погосте, о которой крестьяне били челом самому патриарху Филарету; Макарию предписано было передать благословенную грамоту и антиминс для этой церкви («Акты археологической экспедиции», том 3). Ещё одна административная проблема была связана с возвращением в ведение Новгородского владыки городов по реке Двине: Колмогор, Каргополя, Турчасова и Ваги с уездами. Макарй направил царю челобитную, подкреплённую старинными жалованными грамотами, с запросом об этих землях. В челобитной Макарий пояснял, что эти территории были переданы царём Иваном IV Васильевичем Грозным Вологодской кафедре («а к Вологодской епископьи николи наперед того не бывали») и возвращены Новгороду царём Фёдором Ивановичем. В 1613 г. по ходатайству Вологодского архиепископа Нектария эти земли снова были переданы Вологодской епархии, но по грамоте от 6 июля 1617 г. возвращены Новгороду. Однако и в 1622 г. Макарий жаловался, что духовенство этих земель и земские люди «его… и его приказных людей, и десятилников ни в чем не слушают, и во всяких духовных делех под суд не даются, и ставятся силны, и духовных дел судными и всякими пошлинами… владеют и корыстуются сами». В царской грамоте от 8 февраля 1622 г. была подтверждена юрисдикция Новгородского митрополита над указанными территориями и дан подробный перечень его судебно-податных полномочий, сборов и привилегий. В августе 1623 г. Макарий добился ещё одной царской жалованной грамоты, подтвердившей его права на спорные земли. В ней также были подробно описаны судебно-податные полномочия Макария на этих землях и в вотчинах архиерейского дома. Митрополичьи вотчины царь освободил от уплаты государевых податей и сборов, были отменены податные привилегии с церквей ряда новгородских монастырей, полученные ими в годы Смуты (эти сборы были возвращены в митрополичью казну). В период своего архиерейства Макарий получил и другие жалованные грамоты, расширив финансовые и судебные возможности Софийского дома. Решению внутренних проблем кафедры Макарий также уделял много времени (например, уже в декабре 1619 г. подготовил наказы своим приказным людям о правилах сбора церковной дани, о необходимости духовенству подтверждать свои ставленные грамоты и о решении других вопросов). Несколько лет в новгородском Кирилловом монастыре находился «под началом» осуждённый в 1616 г. Вологодский архиепископ Нектарий, в то время как шли «сыски» с целью установить степень его виновности. В грамоте в мае 1621 г. Макарию сообщалось, что патриарх Филарет «по… соборному совету и по последнему сыску… разрешил и благословил (Нектария) святительская вся действовати и Божественную литоргею служити». Макарий перевел Нектария на Троицкое подворье, и вскоре архиепископ отправился в Москву.