Макарий участвовал в Соборе епископов в январе 1619 г., на котором архиепископ Иосиф был поставлен на Рязанскую кафедру. Исследователи полагают, что Макарий оставался в Москве до начала июня 1619 г., поскольку, согласно царскому указу, присутствовал на «второй встрече» будущего патриарха Филарета в Вязьме. 20 июня 1619 г. Макарий принимал участие в «умолении» царём Михаилом Фёдоровичем Филарета о принятии патриаршества. 21–24 июня 1619 г. Макарий участвовал в избирательном Соборе и поставлении Филарета на патриаршество. В Новгород Макарий прибыл 27 августа 1619 г. В описи Посольского приказа 1627 г. упоминалась «печать Макарья архиепископа вологодцкого и великопермьского». 23 июля 1619 г. патриарх Филарет с Собором поставил Макария на Новгородскую кафедру с возведением в сан митрополита. 16 октября 1620 г. Макарий присутствовал на Соборе по делу митрополита Крутицкого Ионы (Архангельского) о нарушении им чина принятия иноверцев в православие. Осудив действия Ионы (Архангельского) и приняв его покаяние, Собор 4 декабря 1620 г. утвердил решение о чине принятия в православие через перекрещивание «латинян» и белорусцев-«обливанцев». 12 октября 1621 г. Макарий II принял участие в Земском соборе, где обсуждались вопросы о нарушении Деулинского перемирия и возможности новой войны с Польшей. Новгородская кафедра, сильно пострадавшая в Смутное время, требовала немалой энергии и забот со стороны Макария.  По Столбовскому миру Швеции были переданы русские города Корела, Орешек, Ивангород, Копорье и Ям. На их территориях оставались русские церкви и духовенство. Шведские послы настаивали на том, чтобы православные могли ездить к Новгородскому митрополиту на поставление, за благословением и решением других духовных дел. Из-за отсутствия патриарха в 1617 г. этот вопрос решить было невозможно. В 1619 г. Макарий II направил царю и патриарху челобитную с вопросом о положении духовенства на этих землях: «...В какой мере впредь им быти, и давать ли им антиминсы и благословенье чинити?» 17 августа он получил царскую «образцовую грамоту», которую следовало разослать «к игуменом, и к попом, и к дьяконом… явно, чтобы на них от Немец мненья не навести» («Акты археологической экспедиции», том 3). После получения царской грамоты Макари II направил своё послание к православному духовенству в Корелу со словами: «Аще и под державою есте иного владетеля и краля, но несть достойно разлучатися вам духовного порождения, в немже родистеся, и доныне стоите, и пребываете…, приходити ко мне и… благословение и продление во всяких духовных делах от нас приимати и антиминсы и вся, яже церквам Божиим в лепоту, подавати вам хотим» («Акты археологической экспедиции», том 3). Ситуация в пограничных землях была непростой из-за перебежчиков. В феврале 1620 г. к Макарию тайно пробрался выборный человек от «лучших людей» «за рубежом» с целью получить разрешение перейти «на государеву сторону». Макарий сообщил об этом воеводам, а в ответ на их запрос царь повелел перебежчикам в приёме отказывать. В апреле 1620 г. в новой царской грамоте Макарию было запрещено вступать в переписку со священниками из шведских земель и приказано «с маршалком не ссылаться, потому что он человек духовной и чину великого и ему с иноземцы ссылаться непригоже»; при потребности в такой переписке Макарий должен был обращаться к воеводе («Акты археологической экспедиции», том 3).