В конце июля Игнатий Лойола с Пьером Фавром и Гомесом Диего Лайнесом удалился в Виченцу для сорокадневной уединённой духовной подготовки к священнической деятельности (его сподвижники провели это время в других городах и селениях). В конце сентября все они собрались в Виченце и решили основать религиозное общество, назвав его именем Иисуса Христа (Societas Iesu). Затем они разошлись по университетским городам Италии; Игнатий Лойола, Гомес Диего Лайнес и Пьер Фавр отправились в Рим. В ноябре 1537 г. в Ла-Сторте, близ городских ворот Рима, Игнатию Лойоле было видение: согласно позднему сообщению Гомеса Диего Лайнеса, ему явился Господь, сказавший: «В Риме Я буду к вам милостив» («Ego ero vobis Romae propitius»); затем Игнатий Лойола увидел Христа, Который нёс крест, и услышал Его призыв к служению. Это было истолковано как призыв к основанию новой религиозной конгрегации. Прибыв в Рим, Гомес Диего Лайнес и Пьер Фавр с разрешения папы преподавали в университете Сапиенца, а Игнатий Лойола распространял и разъяснял сочинение «Духовные упражнения» (окончательная версия была закончена им к весне 1538 г.). Ему удалось заручиться поддержкой многих представителей высшего духовенства, в частности, кардинала Гаспаро Контарини. К Пасхе (21 апреля) в Риме собрались все ближайшие соратники Игнатия Лойолы, которые стали проповедовать, помогать бедным и голодающим. В праздник Рождества Христова в 1538 г. Игнатий Лойола служил свою торжественную первую мессу в базилике Санта-Мария-Маджоре (первоначально он намеревался сделать это на Святой земле). В конце августа 1538 г. на аудиенции во Фраскати Игнатий Лойола впервые подробно изложил папе Павлу III свои идеи и получил поддержку понтифика; 18 ноября по поручению папы наместник Рима подтвердил соответствие учения Игнатия Лойолы и его сподвижников доктрине католической церкви, тем самым сняв с них все обвинения. С согласия папы Римского сторонники Игнатия Лойолы окончательно отказались от паломничества ради апостольской проповеди. С середины марта до 24 июня 1539 г. они обсуждали устройство будущей конгрегации; 15 апреля было объявлено, что они приступили к организации Общества Иисуса. Частично сохранились черновые записи (минуты) этих обсуждений («Deliberatio primorum patrum»), а также текст клятвы верности, которую дали их участники. По итогам обсуждения был составлен проект папского послания «Cum ex plurium», где в пяти статьях излагались основные принципы устройства Общества Иисуса. Кардинал Гаспаро Контарини передал проект Павлу III, который одобрил его (об этом говорилось в письме кардинала Игнатию Лойоле от 3 сентября). Несмотря на позицию Павла III, некоторые кардиналы, в том числе Джироламо Гинуччи и Бартоломео Гвидиччони, которым понтифик поручил контроль за составлением официального акта о создании общества, выразили сомнение в законности и целесообразности основания нового Ордена.