В середине – второй половине VI в. был перестроен нартекс храма. В нём появились две небольшие часовни с апсидами, которые, как полагают исследователи, были посвящены разным святым. Также были расширены подсобные помещения с юга и севера от храма, назначение которых для исследователей остаётся неясным. В различных районах города раскрыты несколько базилик, приходских храмов Лаодикии, от которых остались лишь некоторые части фундаментов, позволяющие исследователям реконструировать планы зданий. Северная базилика (26×47,6 м) раскрыта в 2011 г. Это – трёхнефный трёхапсидный храм, ориентированный на юго-восток; построен после землетрясения 494 г. в северной части площади, которая до IV в. предположительно служила теменосом храмов Зевса и Афины. Сооружение имело довольно стандартные для Малой Азии формы. Восточная стена снаружи прямая; полукружия апсид на ней не выявлены. Стену украшали только две небольшие ниши, делившие фасад стены на три части. Исследователи отмечают сравнительно низкое качество каменной кладки из известняка-травертина; отделка храма также оставалась довольно скромной, т.к. в ней, по мнению исследователей, не использовался мрамор. Баптистерий при базилике не обнаружен. Юго-западная базилика (34,3×21,4 м) – трёхнефный одноапсидный храм с атриумом, объединявший, как полагают исследователи, общину нескольких кварталов города и построенный в V в. Найденные мозаичные тессеры указывают на то, что его пол или конха апсиды были украшены мозаикой. Северо-западная базилика (20,33× 43,34 м) – трёхнефный и трёхапсидный храм с атриумом. В восточной стене выделяется только центральная апсида, которая с внешней стороны имеет трёхгранную форму. Базилика была богато украшена мраморными деталями и орнаментом. Найденные фрагменты декора исследователи находят типичными для V в., однако некоторые из них, в том числе украшения фриза архитрава, соответствуют стилю II в. и могли быть использованы в базилике как сполии. Раскрыты также два храмовых сооружения в форме тетраконха. Первый был выстроен, как полагают исследователи, в V в. Он расположен на востояной окраине города, за пределами стен. Снаружи стены здания образовывали форму ротонды, однако внутреннее помещение выглядело в плане как октагон с четырьмя апсидами по всем сторонам (его размеры 15х15 м). Вторая постройка, диаметром 9 м, находилась в центральной части города. Она была богато украшена; стены в интерьере облицованы мрамором. Исследователи полагают, что здесь находился баптистерий ещё не раскрытого храма. Здание «С» с апсидой расположено к юго-западу от нимфея Каракаллы в центре города, на небольшом холме; в основном, напоминает исследователям христианскую базилику, но обладает рядом необычных черт. Главная большая апсида здания ориентирована на северо-запад. Внешние стены, сложенные из известняка и мрамора, образуют прямоугольное в плане сооружение (16,6×19,5 м). Однако внутри в прямоугольник вписано сложное помещение. Помимо главной апсиды его образуют восемь боковых ниш, расположенных в два ряда по боковым стенам. В каждом ряду первая и четвёртая ниши имеют квадратную, а вторая и третья – полукруглую форму. С юго-востока в помещение вели три входа; боковых дверей у здания не было. По найденным деталям декора исследователи предполагают, что здание было построено в эпоху династии Северов (первая треть III в.) и, вероятно, использовалось как храм императорского культа (калиба). Позднее оно было переосвящено в христианскую церковь; при этом ориентация здания не менялась. Храм был заброшен после землетрясения 494 г.