В 1900–1904 гг. по проекту А.А. Латкова была возведена Успенская церковь Князь-Владимирского монастыря в селе Филимонки Подольского уезда. Единый объём здания включает храм с двумя симметричными одноярусными приделами и трапезную. Центральный двухъярусный четверик церкви выделялся по высоте и завершался компактным пятиглавием (ныне утрачено). С западной стороны к зданию примыкало трёхчастное помещение с папертью и лестницей на хоры, с востока – три гранёные апсиды. В оформлении фасадов доминируют мотивы арочек и кронштейнов. Крупнейший храмовый проект А.А. Латкова – собор во имя благоверного князя Александра Невского на Миусской пл. в Москве (остался неосуществлённым). Собор планировался грандиозным по размеру, круглым в плане, с обходной галереей, завершённым огромной луковичной главой. Однако проект, одобренный Московской духовной консисторией и Строительным отделением губернского комитета, не был принят Синодом из-за технического несовершенства. Храм был возведён академиком Александром Никаноровичем Померанцевым. Была отвергнута и другая крупная работа А.А. Латкова – Никольские торговые ряды в Москве, проектирование которых было передано Льву Николаевичу Кекушеву, хотя А.А. Латков разработал три варианта проекта. Исследователи отмечают, что А.А. Латков, как правило, проектировал постройки в русском стиле с мотивами ярославского и московского узорочья середины XVII в., с обилием дробных декоративных архитектурных форм и с богатой орнаментикой (московско-ярославский, или романовский). Этот стиль зодчества, восходящий к начальной эпохе династии Романовых, применялся им не только для церковных зданий, но и для сооружений гражданского назначения (лавки, торговые ряды). Вместе с тем А.А. Латков использовал в качестве образцов для своих храмовых проектов идеи ведущих архитекторов-современников. Избрав для проекта Александро-Невского собора на Миусской пл. тип центрического храма с огромным высоким куполом, он продолжал поиск решений, намеченных в проектах и осуществлённых в постройках таких зодчих, как Роберт Робертович Марфельд (храм Христа Спасителя в Борках, 1891–1894 гг.) и Василий Антонович Косяков (церковь Богоявления на Гутуевском острове в Санкт-Петербурге, 1892–1899 гг.). Наследие А.А. Латкова как архитектора оценивалось неоднозначно. Критику вызывали как выбор места для построек (многие здания закрыли или исказили исторический вид на Троице-Сергиеву лавру), так и характерное для стиля А.А. Латкова сочетание упрощённых архитектурных объёмов с суховатым и графичным декором. Несмотря на спорную оценку, очевидным исследователи называют значение работ А.А. Латкова в создании современного ансамбля Троице-Сергиевой лавры, Сергиева Посада и его окрестностей. После Октябрьской революции А.А. Латков занимался реставрацией и не создал значительных построек. В 1918 г. участвовал в реставрационных работах в Московском Кремле, в 1920 гг. в составе различных комиссий осуществлял техническое инспектирование зданий Троице-Сергиевой лавры во время создания музея.