Он принадлежит к центрическому крестово-купольному типу, восходящему к ранневизантийской архитектуре. Над его основным объёмом возвышается несущий центральную главу световой барабан. Боковые главы понижены и завершают угловые компартименты между ризалитами. На фасадах выделены ризалиты с двумя ярусами окон и большой полукруглой закомарой. В декоре Никольского собора (как и Сергиевской церкви) главенствует мотив колончатой аркатуры с использованием филёнок и ленточного руста. Богатое убранство интерьера включало отделку из искусственного и натурального цветного мрамора, беломраморные иконостасы с бронзовыми позолоченными деталями. В 1911 г. артель под руководством братьев Сафоновых выполнила стенопись. Церковным и архитектурным сообществом постройка была принята благосклонно, собор характеризовали как «выдающийся» по архитектуре, отмечали его грандиозность; по словам архимандрита Троице-Сергиевой лавры Товии, храм «великолепием своим превзошёл всякие ожидания». Собор был закрыт в 1932 г. (интерьер не сохранился), возвращён церкви в 1990 г., отреставрирован и вновь освящён 11 октября 2012 г. Помимо собора А.А. Латков построил в Покровском монастыре новый настоятельский корпус, келейный корпус (1900 г.) и просфорную. В Москве А.А. Латков возвёл ризницу собора Иоанновского монастыря (1895 г.), жилой корпус и трапезную (1898–1908 гг., не сохранилась), домовую церковь Нерукотворного образа Спасителя при приюте имени Ивана Артемьевича Лямина на Большой Ордынке, 24 (1902–1903 гг., однокупольный храм, декорированный полуколонками и наличниками с разорванными фронтонами, не сохранился), реконструировал церкви святого Алексия, человека Божия, в Алексиевском монастыре (1899 г., перестройка притвора и хор, создание ризницы и иконостаса), святителя Климента в Замоскворечье (1899–1900 гг., реставрация) и Покрова Пресвятой Богородицы в Красном Селе (1902–1904 гг., капитальный ремонт с устройством приделов, архитектор сохранил классицистический стиль храма), перестроил часовню Знаменского монастыря (не сохранилась), построил в 1890 гг. дом причта церкви Святой Троицы в Листах (ул. Сретенка, 27-29) и доходный дом по Трубной ул., 22. В последней по времени постройке А.А. Латкова – трёхэтажном на подвалах надвратном корпусе подворья Троице-Сергиевой лавры в Москве (1913–1915 гг.) – впервые для зодчего элементы московско-ярославского стиля сочетаются с новой системой декора и деталями, выполненными в неорусском стиле (здание перестроено). Ныне на территории Москвы находится четырёхъярусная краснокирпичная колокольня Казанского Головинского монастыря (1911–1913 гг.), завершённая невысоким шатром с главкой и покрытая ковровым кирпичным декором. Остальные постройки монастыря утрачены преимущественно в 1970 гг. Среди них также спроектированные А.А. Латковым больничный корпус с церковью мученицы Акилины (перестройка, 1898 г.), трапезная (1898–1908 гг.), двухэтажный келейный корпус (проект 1904 г.). А.А. Латков работал в Московской губернии – построил двухэтажную Крестовоздвиженскую церковь-школу при Мишеронском стекольном заводе товарищества стеклянных заводов «Братья Н. и И. Костеревы» (1900–1902 гг., перестроена) и деревянную одношатровую трёхчастную Покровскую церковь в деревне Барвиха (1910–1911 гг., не сохранилась, воссоздана на другом участке в 1996–2002 гг.), многоярусные надвратные колокольни в духе XVII в. для церкви Святой Троицы в селе Чашниково Московского уезда (1895 г.) и Покровской церкви в селе Кудинове Богородского уезда (1900–1901 гг.), трапезную, ризницу и сторожку церкви Святой Троицы в селе Троицком Звенигородского уезда (1894–1895 гг.), Васильевский корпус Крестовоздвиженского Иерусалимского монастыря в селе Лукине (1898 г.), дом училища для мальчиков при часовне в деревне Рязанцы Дмитровского уезда (1898 г.).