При устройстве нового отделения Гефсиманского в честь Черниговской иконы Божьей Матери скита А.А. Латков выстроил кирпичную ограду с восьмигранными шатровыми башнями (1894–1895 гг.), в 1897–1898 гг. – ограду, а также ворота и колокольню (утрачены) старой части. Наиболее внушительным строением новой части Гефсиманского скита исследователи называют высокую, пятиярусная надвратную колокольню (1895–1900 гг.) с двумя боковыми пристройками (где были освящены церкви во имя Николая Чудотворца и равноапостольных Константина и Елены). Тип многоярусных колоколен, ярусы которых сужаются в высоту и богато декорированы в формах узорочья, был особенно характерен для А.А. Латкова. Объёмно-пространственное их решение восходило к ярославскому зодчеству XVII в. Шатровое завершение центрального башенного объёма с кокошниками в основании, со слухами на гранях и с луковичной главкой воспроизводит архитектуру колоколен ярославских церквей XVII в., таких, как церкви пророка Илии и святителя Иоанна Златоуста в Коровниках. С основной вертикалью постройки соотносятся сложные декоративные завершения симметричных церквей в пристройках. Кирпичный декор составляют колонки, арочки, ширинки, килевидные кокошники. Благодаря общему стилевому решению и нарядному кирпичному узорочью со вставками из белого камня колокольня составляет единый архитектурный ансамбль с храмом Черниговской иконы Божьей Матери архитектора Николая Владимировича Султанова. Аналогичную колокольне Гефсиманского скита трёхчастную пирамидальную композицию с двумя шатровыми палатками по бокам имеет колокольня Зосимовой пустыни Смоленской иконы Божьей Матери. Исследователи не исключают, что А.А. Латков принимал участие и в создании других монастырских построек, в том числе Смоленского собора (1894–1900 гг.), церквей Всех святых и преподобного Сергия Радонежского, а также утраченной ныне надкладезной часовни. Вариант трёхчастной надвратной колокольни реализован А.А. Латковым в Параклитовой пустыни (1896–1898 гг.): три квадратных в плане краснокирпичных яруса завершены небольшим шатром, частично скрытым аттиком с кокошниками в основании; к нижнему ярусу примыкают одноэтажные жилые пристройки. Колокольня отличается от предыдущих приземистостью и упрощённым суховатым декором. В русле византийского стиля А.А. Латков спроектировал 4-престольную церковь преподобного Сергия Радонежского при благотворительных попечительских учреждениях имени митрополита Сергия (Ляпидевского) у Московской заставы в Туле (1895–1898 гг.) и Никольский собор Хотьковского в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастыря, также отличающиеся открытой краснокирпичной кладкой. Одноглавая Сергиевская церковь имеет план в виде латинского креста, к основному двухъярусному объёму примыкают боковые ризалиты с крыльцами, с запада – трапезная в две оси и небольшой притвор, увенчанный также одной шлемовидной главой. Такой же главкой завершена развитая алтарная часть. Никольский собор был заложен по инициативе игуменьи Филареты (Меркурьевой) в 1899 г. на месте разобранной Никольской церкви. Главный алтарь, боковые приделы во имя апостолов Петра и Павла и в честь Воскресения Господня были освящены 26–27 сентября 1904 г. Пятиглавый 4-столпный безапсидный монументальный собор стал архитектурной доминантой монастыря и его окрестностей.