В 1948–1950 гг. в Крыму вновь начались прямые репрессии против священнослужителей. Лука пытался вступиться за арестованных иереев, заявив при встрече с уполномоченным Совета по делам РПЦ, что «это были его самые лучшие священники». Лука пытался не допустить дальнейшего сокращения числа действующих храмов. В сентябре 1948 г. власти под предлогом слияния приходов решили закрыть в Крыму ряд церквей. Уполномоченный Совета по делам РПЦ вызвал Луку и сообщил о решении соединить приходы церквей посёлка Мичурино и села Грушевка Старокрымского района и освободить для государственных нужд одно из церковных зданий. Лука потребовал отдать ему копию официального решения Совета. Когда уполномоченный отказался, Лука заявил, что никаких указаний по закрытию церкви он давать не будет. Тем не менее, в следующем году храм в посёлке Мичурино был закрыт. В это же время верующие лишились ещё трёх храмов. Из-за недостатка священнослужителей во многих храмах богослужения не совершались, для властей это было поводом к снятию их с регистрации. Чтобы воспрепятствовать этому, Лука временно назначал в эти храмы священников, а затем переводил их в другие, где также не было пастырей. Там, где за отсутствием прихожан не было средств на содержание священника, Лука выделял деньги из епархиальных средств, делая всё, чтобы не допустить закрытия церквей. В это время Лука активно работал над главным своим богословским трудом – «Дух, душа и тело», в котором обосновывал понятие христианской антропологии, рассматривавшей человека как единство трёх составляющих: духа, души и тела. Сердце при этом определялось как орган общения человека с Богом, богопознания. Также Лука занимался темой взаимосвязи науки и религии, он считал, что «наука без религии – небо без солнца. А наука, облачённая светом, – это вдохновенная мысль, пронизывающая ярким светом тьму этого мира». Особую же известность Лука получил как яркий и одарённый проповедник. Его проповеди отличались доступностью, искренностью, самобытностью, глубокой эмоциональностью. Записанные близкими людьми проповеди Луки составили более 4,5 тыс. машинописных листов. Лишь некоторые из них были опубликованы при жизни Луки в «Журнале Московской Патриархии», основная часть вышла в свет в отдельном издании в постсоветское время. Активная проповедническая деятельность Луки вызывала недовольство властей. Его яркие проповеди привлекали множество верующих, в том числе молодёжь. 28 октября 1948 г. первый секретарь Крымского обкома ВКП(б) Николай Васильевич Соловьёв докладывал в своём обращении секретарю ЦК ВКП(б) Георгию Максимилиановичу Маленкову: «В своих проповедях Лука публично осмеивал материализм и материалистов, старался изобразить дело таким образом, как будто бы великие учёные Коперник, Пастер, Павлов – это люди не науки, а люди религии... В силу особого положения Крыма как пограничной полосы, мы считаем необходимым через соответствующие органы удалить Луку из Крыма». Лука произносил проповеди не только в воскресные и праздничные дни, но и за каждым будничным богослужением, поощряя к тому иереев своей епархии.