Поскольку выдвижение митрополита Алексия (Симанского, с 1945 г. – Патриарх Московский и всея Руси Алексий I) в качестве единственного кандидата нарушает это установление, Лука заявил, что проголосует против его кандидатуры. Впоследствии в результате столь ясно обозначенной позиции Лука не был допущен на поместный Собор РПЦ 31 января – 2 февраля 1945 г., избиравший патриарха. 15 июня 1944 г. Лука в письме местоблюстителю митрополиту Алексию (Симанскому) изложил план мероприятий по возрождению церковной жизни, однако все они по обстоятельствам того времени оказались неосуществимыми. В феврале 1945 г. патриарх Алексий I (Симанский) наградил Луку правом ношения бриллиантового креста на клобуке. В декабре того же года Лука был награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне». В январе 1946 г. за научную разработку новых хирургических методов лечения гнойных заболеваний и ранений, изложенных в научных трудах «Очерки гнойной хирургии» и «Поздние резекции при инфицированных огнестрельных ранениях суставов», Лука был награждён Сталинской премией первой степени; из денежного вознаграждения в 200 тыс. руб. Лука пожертвовал 130 тыс. на помощь детям, пострадавшим от последствий войны. В это же время Луке окончательно запретили выступать перед научной аудиторией в рясе и с панагией. 5 апреля 1946 г. Лука был назначен архиепископом Симферопольским и Крымским. Одновременно со служением архиерея он продолжал деятельность врача, учёного и педагога: принимал больных на дому, готовил новые издания научных работ, консультировал в Симферопольском военном госпитале, проводил там показательные операции, читал лекции для врачей Крымской области. Вскоре, однако, по инициативе властей врачебно-педагогическая деятельность Луки в Крыму была прекращена. Архиерейское служение Луки пришлось на сложный период в истории Крымской епархии. Местными властями проводилась политика закрытия церквей, открытых во время войны. В результате к начале 1946 г. по сравнению с 1944 г. количество храмов сократилось с 74 до 53. Здания многих храмов пострадали во время военных действий, часть священнослужителей не могли исполнять свои обязанности, т.к. не обладали необходимыми способностями и нравственными качествами. Как управляющий Крымской епархией Лука немедленно приступил к упорядочению в ней религиозной жизни. Он был строг к духовенству, указывая на небрежное отношение к пастырским обязанностям и недостойное поведение. В 1947 г. Луке пришлось уволить за штат трёх иереев за невозможность исполнять обязанности священника, шестеро были лишены сана, один стал служащим государственного учреждения, пятеро были отпущены Лукой в другие епархии. В том же году он рукоположил 15 священников по своему выбору, большей частью из людей, имевших большой жизненный опыт. Из 62 священников и диаконов, служивших в Крымской епархии в 1948 г., 13 человек раньше отбывали заключение в лагерях. Привлечение к служению осуждённого духовенства вызывало большое недовольство властей.