После окончания первого Крестового похода на территории Иерусалимского патриархата действовали духовно-рыцарские Ордены иоаннитов (см. Мальтийский орден) и тамплиеров, конгрегации госпиталитов (госпитальеров), которые занимались опекой больных, паломников и неимущих. В 1187 г. султан Салах-ад-Дин (1174–1193 гг.), основатель династии Айюбидов, разгромил крестоносное войско при Хаттине и захватил большую часть Иерусалимского королевства, включая Иерусалим. Латинское население получило возможность покинуть город за выкуп; патриарший дворец был разрушен. Тем не менее, в результате третьего Крестового похода (1189–1192 гг.) христианам удалось вернуть часть территорий, в том числе Акру (ныне Акко, Израиль; 1191 г.), которая стала столицей так называемого Второго Иерусалимского королевства. В Акру был перенесён патриарший престол; с 1262 г. латинские патриархи Иерусалима были по должности епископами Акры. Патриаршему престолу подчинялись три диоцеза: Лидда и Рамла, Вифлеем, Хеврон; их правящие епископы постоянно проживали в Акре (за исключением епископа Вифлеема, пребывавшего в 1229–1244 гг. в своём кафедральном городе, который в этот период контролировался христианами). В юрисдикции Тирского архиепископа находились епископства Акра (до 1262 г.), Сидон и Берит. Архиепископ Кесарии Приморской пребывал на территории своего диоцеза до разрушения города войсками мамлюкского султана Бейбарса I (1260–1277 гг.) в 1265 г. В Акре жил и архиепископ Назарета, имевший возможность вернуться в свой диоцез в 1229–1263 гг., когда был восстановлен контроль крестоносцев над городом; находившаяся в юрисдикции архиепископа Назарета кафедра Тивериады оставалась вакантной вплоть до временного перехода Галилеи под власть крестоносцев (1241 г.). Кафедры Керака и Севастии оставались вакантными, хотя в XIII в. папы назначали на них титулярных епископов. В январе 1229 г. император Священной Римской империи Фридрих II Штауфен (1220–1250 гг.), руководивший шестым Крестовым походом (1228–1229 гг.), и султан аль-Камиль (1218–1238 гг.) заключили договор сроком на десять лет, в соответствии с которым под контроль крестоносцев переходили весь Иерусалим, кроме Храмовой горы, а также Вифлеем, Назарет, Лидда и сеньории Торона и Сидона, однако христианам запрещалось восстанавливать стены Иерусалима, а мусульмане продолжали владеть Храмовой горой. Латинский патриарх Геральд Лозаннский (1225–1239 гг.) не только отказался переселяться в Иерусалим, но и наложил на город интердикт, под страхом отлучения запретив кому-либо сопровождать Фридриха II Штауфена. В последующие годы Иерусалим несколько раз переходил из рук в руки; в августе 1244 г. город был взят хорезмийцами, которые заключили договор с египетским султаном ас-Салихом Айюбом (1240–1249 гг.), что означало окончательную потерю христианами власти над городом. После неудачи восьмого Крестового похода (1270 г.) Иерусалимское королевство, ослабленное внутренними конфликтами, вступило в последний период своего существования, который завершился взятием Акры мамлюками в 1291 г.