Однако исследователям известно о существовании общины греческих клириков, служивших в храме Гроба Господня, а также о нескольких православных архиереях, в обязанности которых, по всей видимости, входило руководство клириками и мирянами византийского обряда, жившими на территории латинского Иерусалимского патриархата (с целью соблюдения норм канонического права в титулатуре этих архиереев отсутствовало название соответствующего латинского епископства). В 1099–1187 гг. латинскому Патриаршему престолу подчинялись три суффрагана: епископства Лидда (ныне Лод, Израиль) и Рамла (кафедра основана в 1099 г.), Вифлеем (с 1108 г.) и Хеврон (с 1168 г.). В 1135–1187 гг. диоцез Акра был подчинён архиепископству Тир (основано в 1128 г.). Тирскому архиепископству подчинялись также диоцезы Сидон (ныне Сайда, Ливан; захвачен в 1110 г., епископство образовано не позднее 1133 г.), Берит (ныне Бейрут, Ливан), епископ для которого был назначен в 1112 г., однако посвящён лишь в 1133 г., и Панеада (ныне Банияс, Голанские высоты; см. Кесария Филиппова), находившаяся под контролем крестоносцев в 1140–1164 гг. В 1101 г., после захвата Кесарии Приморской войсками короля Балдуина I, в городе была учреждена архиепископская кафедра, которой подчинялся один суффраган – епископство Севастия (ныне Сабастия, Западный берег реки Иордан; кафедра основана в 1129 г.). В 1103–1128 гг. в соответствии с решением папы Римского Пасхазия II (1099–1118 гг.) территория Галилеи находилась в юрисдикции архиепископа города Вефсан (ныне Бейт-Шеан, Израиль); затем ею стал управлять архиепископ Назарета, в подчинении которому находилось епископство Тивериада (ныне Тиверия, Израиль), основанное около 1144 г. С 1168 г. Трансиордания подчинялась в церковном отношении архиепископству Керак (ныне Эль-Карак, Иордания). До 1187 г. патриарх и прочие епископы фактически назначались королём, хотя каноническое избрание формально сохранялось, и соборные капитулы могли обратиться к папе с просьбой рассмотреть законность избрания патриарха. В целом отношения между правителями Иерусалимского королевства и патриархами были мирными, однако периоды патриаршества Даиберта и Стефана из Ла-Ферте (1128–1130 гг.), стремившихся к независимости от королей, были отмечены конфликтами со светской властью. Под властью крестоносцев в Иерусалиме велось активное храмовое строительство (подробнее см. ст. Иерусалим). В латинском Иерусалимском патриархате несли служение как секулярные клирики, так и члены различных монашеских Орденов (роль последних постепенно возрастала). В 1114 г. каноники храма Гроба Господня приняли устав Августина; из каноников-августинцев состояли также капитулы базилики Рождества Христова в Вифлееме, церкви Благовещения Пресвятой Богородицы в Назарете и церкви праотца Авраама на месте пещеры Махпела в Хевроне, где были погребены Авраам, Исаак и Иаков. Кроме того, августинцам принадлежали церковь Девы Марии на Сионе (или церковь Святого Сиона), церковь Вознесения на Елеоне и Купол скалы («храм Господень», «Templum Domini»). В XII в. были основаны несколько бенедиктинских, цистерцианских и премонстрантских монастырей.