Новый патриарх Матфей (1221 г.), назначенный папой, продолжил политику притеснения «франкских» клириков. В 1225 г. власть латинского патриарха Константинополя была укреплена: папа Римский Гонорий III (1216–1227 гг.) установил, что лишь особое папское распоряжение может отлучить его от церкви или лишить титула. После смерти Матфея (1226 г.) нарушилась монополия венецианцев на титул патриарха: изначально он был предложен Жану Альгрену, но после его отказа патриарший престол занимали Симон Тирский (происхождение исследователям неизвестно) и Никколо ди Кастро Арквато. Оба пытались проводить самостоятельную политику при поддержке папства. В 1253 г. патриархом был назначен венецианец Панталеоне Джустиниани. В условиях опасности для существования Латинской империи папа Римский был вынужден таким образом усилить консолидацию с Венецианской республикой. После восстановления Византийской империи Джустиниани бежал в Кандию (ныне Ираклио, остров Крит), а затем его резиденция располагалась на Эвбее и в Венеции. Последующие патриархи жили в Венеции и Риме. В результате Ферраро-Флорентийской унии произошло объединение православных и латинских патриархатов Константинополя. Первое время после смерти патриарха Григория III Маммы латинскими патриархами Константинополя были принявшие унию православные иерархи – бывший Киевский митрополит Исидор, затем бывший митрополит Виссарион Никейский. После основания в 1742 г. апостольского викариата Константинополя (с 1990 г. – апостольский викариат Стамбула) латинский патриархат Константинополя стал титулярным; с 1948 г. он оставался вакантным до упразднения папой Павлом VI в январе 1964 г. Латинский Патриархат Александрии (лт. Patriarchatus Alexandrinus Latinorum) был титулярным с момента основания в первой четверти XIII в. По мнению исследователей, его учреждение было связано с желанием дополнить уже существовавшие латинские аналоги восточных патриархатов. Самое раннее упоминание о латинском патриархе Афанасии относится к 1219 г., но постоянным титул стал с 1310 г., когда он был дарован папой Римским Климентом V (1305–1314 гг.) доминиканцу Эгидию из Феррары, ранее занимавшему патриарший престол Градо. Кафедрой латинского патриарха Александрии в Риме являлась базилика Сан-Паоло-фуори-ле-Мура. С 1954 г. титул был вакантным, в январе 1964 г. папа Павел VI упразднил его. Патриархат Западных Индий (лат. Patriarchatus Indiarum Occidentalium; испан. Patriarcado de las Indias Occidentales). 26 июля 1513 г. арагонский король Фердинанд II отправил папе Римскому Льву X (1513–1521 гг.) прошение о присвоении королевскому капеллану епископу Хуану Родригесу де Фонсеке, возглавлявшему Совет Индий, титула патриарха открытых и завоёванных земель, однако о дальнейшей судьбе этого прошения исследователям ничего не известно. Почётный титул был учреждён 11 мая 1524 г. папой Римским Климентом VII (1523–1534 гг.). Исследователи предполагают, что первым латинским патриархом Западных Индий стал Антонио де Рохас Манрике, архиепископ Гранады. В 1560 г. испанский король Филипп II отправил папе Римскому Пию IV (1559–1565 гг.) прошение о наделении латинского патриарха Западных Индий юрисдикцией, однако эта инициатива не получила поддержки Папского престола. Регулярно титул стал присваиваться с 1602 г., когда были оставлены попытки придать ему реальную силу.