Лица с фамильным прозвищем «аль-Караки», указывающим на происхождение из Карака, исследователи нередко встречают в источниках XIV – начала XVI вв. среди христианской элиты Дамаска и синайского монашества. В эпоху мамлюкских султанов-бурджитов (1382–1517 гг.) Карак всё реже упоминается в источниках. Со второй половины XV в. Мамлюкское государство утратило контроль над кочевыми племенами, которые регулярно опустошали земледельческие области Сирии и Палестины. В 1453 г. наместник Карака был убит бедуинами. Гарнизон крепости неоднократно принимал участие в карательных экспедициях против кочевников. В 1506–1507 гг. в Караке произошло восстание, губернатор бежал из города, присланные султаном войска с трудом восстановили порядок. После османского завоевания Ближнего Востока (1516–1517 гг.) Карак был включён в состав Дамасского пашалыка. Главной задачей дамасских губернаторов в Заиорданье было обеспечение безопасности караванов мусульманских паломников. Хотя в середине XVI в. их основной маршрут сместился на восток и проходил по пустыне, в те годы, когда время хаджа приходилось на жаркие летние месяцы, караваны снова шли по Царской дороге через Карак. Османские власти ставили во главе заиорданских санджаков Карак и Аджлун представителей местной знати, понимая, что лишь они в состоянии поддерживать порядок в регионе. Так, один из влиятельных региональных лидеров Кансух ибн Мусаада ибн аль-Газзави управлял Заиорданьем с 1551 г. по 1570 гг. В то же время османы стремились ограничить могущество местных элит и интегрировать регион в общеимперские административные структуры. В XVI в. в Заиорданье прошло несколько переписей населения и налогооблагаемых имуществ. Перепись 1548 г. зафиксировала в Караке 117 христианских и 64 мусульманских дома, в 1596 г. их число составило 103 и 78 домов соответственно. Помимо Карака незначительное христианское присутствие было отмечено ещё в пяти селениях округа, в том числе в Эр-Раббе и Шаубаке. С начала XVII в. османы фактически утратили контроль над Заиорданьем, где полновластно распоряжались различные бедуинские племена. Численность осёдлого населения и масштабы сельскохозяйственного производства на плато Карак сокращались. К середине XIX в. там осталось лишь три деревни; остальное земледельческое население жило в шатрах и вело полукочевой образ жизни. Карак превратился в автономный город-государство, плативший подати османам нерегулярно и лишь под военным принуждением. В 1655/1656 и 1669/1670 гг. османы отправляли в Южное Заиорданье военные экспедиции для замирения племён. В 1678/1679 г. дамасский паша впервые в истории взял Карак штурмом, после чего казнил многих местных старейшин. В городе был размещён гарнизон янычар. Однако османская власть в регионе и дальше оставалась номинальной. В сложившихся условиях христиане Карака вернулись к родоплеменным отношениям, характерным для соседних мусульманских сообществ. Христианские племена заключали союзы с другими христианскими и мусульманскими кланами или подчинялись им. Христиане Карака славились воинственностью, участвовали в междоусобных войнах и разбоях на Хиджазской дороге. Социальной архаизации заиорданских христиан способствовала и их изоляция от церковных структур Иерусалимского патриархата.