После смерти ан-Насира Мухаммада в ходе борьбы за власть мамлюкских группировок ан-Насир Ахмад был возведён на трон в Каире (1342 г.), однако вскоре покинул столицу и перенёс свою резиденцию в Карак. После этого султан был низложен оставшимися в Каире мамлюкскими эмирами, а против Карака было предпринято восемь военных экспедиций. Осадные технологии того времени не позволяли взять цитадель штурмом. Ан-Насир Ахмад был предан одним из своих сановников, который в 1344 г. впустил осаждавших в крепость. В мамлюкскую эпоху Карак стал одним из главных православных центров Ближнего Востока. Население города, как уже было отмечено, оставалось преимущественно христианским. На этом основании наместник Карака в 1301 г. не привёл в исполнение султанский указ о ношении немусульманами отличительной одежды, заявив, что жителям города не от кого отличаться. Через Карак помимо дороги мусульманского хаджа проходили и христианские паломнические маршруты. В XIII в., пока Заиорданье было относительно густо заселённым и безопасным, многие богомольцы следовали из Иерусалима через Иерихон к святым местам Иордана, пересекали реку и шли по плато над восточным берегом Мёртвого моря в Карак, а далее – на Синай и в Египет. Синайский монастырь великомученицы Екатерины имел недвижимость в Караке, в том числе предположительно гостиницу для паломников. Исследователи полагают, что именно там останавливался немецкий странник Титмар, проходивший через Карак на Синай в 1217 г. Сербский архиепископ Савва I во время второго путешествия на Святую землю (1235 г.) отправился из Иерусалима в Каир также через Карак. Исследователи полагают, что с паломничеством на Синай было связано появление в Караке армянской церкви. В 1878 г. была открыта надпись 1257 г. о строительстве царём Киликийской Армении Гетумом в Караке церкви святого Иакова (содержание надписи и её аутентичность остаются спорными). Исследователям известен колофон 1329 г. о вкладе царём Левоном IV Библии в армянскую церковь святого Георгия в Караке. Православный архиерейский престол в Караке был восстановлен после ухода крестоносцев. «Греческий епископ» Карака упоминается Титмаром в 1217 г. По синайскому преданию, в 1312 г. епископ Карака Гавриил направил в монастырь великомученицы Екатерины караван с рабочими и стройматериалами для ремонта храма; чудесным образом караван прибыл вскоре после того, как часть стены монастыря рухнула от землетрясения. С помощью каракских каменщиков пролом был быстро заделан, и обитель спасена от разграбления бедуинами. В айюбидско-мамлюкскую эпоху, когда Иерусалимский патриархат переживал тяжёлый кризис, его окраинные епархии, включая Карак, перешли под окормление Александрийского патриарха. С середины XIV в. Иерусалимские патриархи добивались возвращения этих территорий в свою юрисдикцию. Окончательный отказ Александрийской кафедры от претензий на Карак, Шаубак, Газу и Синай был зафиксирован грамотой Александрийского патриарха Иоакима I в 1530 г. Уроженцами Карака были многие христианские интеллектуалы того времени, в том числе Муваффак ад-Дин ибн Исхак ибн аль-Куфф, врач и историк (первая половина XIII в.), его сын, классик медицинской науки, Абу-ль-Фарадж ибн аль-Куфф (1233–1286 гг.), придворный врач Алам ад-Дин Тума ибн Ибрахим аш-Шаубаки (ум. в 1324 г.).