Евангелист Иоанн называет причины совещания против Иисуса: первосвященники и фарисеи пришли в замешательство от многочисленных чудес Иисуса Христа (прежде всего, от воскрешения Лазаря) и боялись, что волнения в народе спровоцируют карательные меры со стороны римлян (Ин. 11:47–48). Евангелист Иоанн – единственный автор, который сделал акцент на политических мотивах действий священников и книжников против Иисуса. Первосвященник Каиафа говорит, что лучше одному человеку умереть за народ, чем погибнуть всему народу, и эти слова оказываются пророческими (Ин. 11:49–52). Евангелист связывает это пророчество с особым статусом занимаемой Каиафой должности. Описание суда над Иисусом в Евангелии от Иоанна содержит существенные дополнения к свидетельству синоптиков. Хотя Каиафа был первосвященником «на тот год», и это замечание евангелист повторяет (Ин. 18:13), Иисуса сначала ведут к Анне. Это обстоятельство получает несколько странное объяснение: «…Ибо он был тесть Каиафе...» (Ин. 18:13), поскольку отношения родства Анны и Каиафы сами по себе вряд ли могли быть достаточной причиной того, что обвиняемого привели к родственнику первосвященника, а не к нему самому. Далее Иоанн подробно описывает допрос у Анны; между тем допросу у Каиафы не уделяется почти никакого внимания: упомянув о Каиафе (Ин. 18:24), повествователь сразу переходит к рассказу об отречении апостола Петра (Ин. 18:25–27). С одной стороны, рассказ Евангелия от Иоанна подтверждает предположение о том, что Анна продолжал вмешиваться в дела первосвященников – своих близких родственников. (Ср. у Эрнста Ренана: «Судя по многим обстоятельствам, можно думать, что власть его (Каиафы) была лишь номинальной… Каиафа ничего не делал по собственному почину; их (Анны и Каиафы) имена привыкли соединять вместе, и притом имя Анны всегда даже ставилось впереди».) С другой стороны, в рамках повествования Евангелия остаётся необъяснённой связь между содержанием допроса у Анны и теми обвинениями, о которых сообщили Понтию Пилату: Анна допрашивал Иисуса Христа о характере Его учения, а Пилат – о политических мотивах, о мессианстве Иисуса и Его Царстве. Евангелисты-синоптики единодушны в том, что именно о мессианском достоинстве Христа шла речь на суде у Каиафы (Мф. 26:61–65; Мк. 14:57–64; Лк. 22:66–71) – событии, о котором умалчивает евангелист Иоанн. Исследователи полагают, что он делает это сознательно, следуя своей тенденции дополнять повествование синоптических Евангелий, а не повторять его. Свидетельства евангелистов и Иосифа Флавия позволяют исследователям сделать вывод о лояльности Каиафы к римской власти. Срок правления Каиафы был исключительно долгим по сравнению со сроками правления его предшественников. Иосиф Флавий, уделивший много внимания борьбе еврейского народа за независимость в правление Понтия Пилата, не останавливается сколько-нибудь подробно на деятельности Каиафы. Евангелист Иоанн указывает на страх первосвященника и других религиозных лидеров еврейского народа перед римской властью. Решающим аргументом в осуждении Иисуса Христа оказывается угроза нелояльности к императору (Ин. 19:12, 15; ср.: Лк. 23:2).