В 1770–1790 гг. М.Ф. Казаков активно строил для частных заказчиков, складывалась жилая застройка так называемой казаковской Москвы. Достоверно известно больше десятка домов-усадеб, сооружённых в городе по проектам М.Ф. Казакова. Нередко архитектор переделывал более старые постройки, иногда лишь интерьеры. Все проекты частных домов включены М.Ф. Казаковым в первый альбом так называемых партикулярных строений. Типологически дома исследователи делят на три группы: купеческие дома с лавками, как правило, занимавшие квартал целиком; дома-усадьбы с флигелями и курдонером, отгороженные от улицы службами или оградой с воротами (по типу франц. отелей); усадьбы с главным домом, выдвинутым на красную линию улицы, и флигелями, расположенными по сторонам или на заднем дворе. Все три группы, имевшие прототипы в европейской архитектуре, сосуществовали одновременно (представление некоторых исследователей, что третий тип был изобретён М.Ф. Казаковым, другие исследователи считают ошибочным). Дома 1770 гг. были выдержаны в духе раннего классицизма, декор фасадов ориентирован на такие образцы, как дворец митрополита Платона (Левшина) или Сенат. Стилистика домов 1790 гг. ближе к санкт-петербургской архитектуре зрелого классицизма стиля Джакомо Кваренги. Обязательным элементом фасада стал портик (независимо от размеров и назначения здания). Наиболее известными и одновременно художественно выразительными «партикулярными строениями» М.Ф. Казакова  исследователи считают дом Ивана Ивановича Демидова в Гороховом пер. (1789–1791 гг.); дом Екатерины Ивановны Козицкой (урождённой Мясниковой) на ул. Тверской (1791 г.); дом купца Михаила Павловича Губина на Петровке (1793–1799 гг.); дом Ивана Ивановича Барышникова на Мясницкой ул. (1793–1801 гг.). В конце XVIII в., в царствование императора Павла I, М.Ф. Казаков в отличие от других успешных архитекторов екатерининской эпохи пользовался расположением власть имущих, вероятно, благодаря и дружбе с В.И. Баженовым, который оказался в чести у нового императора. В 1796 г. М.Ф. Казаков восстанавливал Новодевичий монастырь после пожара. В 1797 г. для коронационных торжеств перестраивал Слободской дворец в Немецкой слободе. За эту работу М.Ф. Казаков получил чин статского советника. В том же году архитектор создал проект переустройства Кремля. Гораздо менее амбициозный и более реалистичный, чем проект В.И. Баженова, он, тем не менее, предполагал увеличение в три раза дворца Бартоломео Франческой Растрелли. Также М.Ф. Казаков проектировал новое здание Оружейной палаты (примерно на том месте, где его позже возвёл И.Е. Еготов) и колоссальный экзерциргауз, больше похожий на театр (проект создавался для преподнесения на коронации Павлу; не реализован). Последним крупным проектом М.Ф. Казакова до ухода в отставку был комплекс Голицынской больницы, созданной в 1796–1801 гг. по завещанию князя М.Д. Голицына. Под застройку была отведена территория парка на окраине города между Большой Калужской ул. (ныне Ленинский проспект) и рекой Москвой, больница построена по усадебному принципу (на основе планировки фрагментов старой усадьбы Строгановых, бывшей на этом месте).