К 1784–1787 гг. исследователи относят один из самых знаменитых проектов М.Ф. Казакова – первую перестройку дома Василия Михайловича Долгорукова-Крымского на Большой Дмитровке для Благородного собрания. Главной частью этого проекта стал встроенный во внутренний двор дома колоссальный Колонный зал, предназначенный для балов. Мощная коринфская колоннада из 28 гладких деревянных колонн, отделанных белым искусственным мрамором, поддерживает подвесной зеркальный деревянный свод с распалубками над полуциркульными окнами верхнего света. Первоначально зал не имел балкона (добавлен в начале XIX в.). До пожара 1812 г. стены зала были расчленены коринфскими пилястрами, а потолок украшен живописным плафоном с арматурами и картушами (здание восстановил ученик М.Ф. Казакова Алексей Никитич Бакарёв; фасады перестроены в 1903 г. Александром Фелициановичем Мейснером). После посещения летом 1785 г. Москвы императрица Екатерина II осталась довольна классицистическим зданием Сената, отметив, что оно «превзошло её ожидания». Напротив, псевдоготические постройки В.И. Баженова в подмосковном селе Царицыне ей не понравились. Показавшиеся императрице тесными и неудобными дворцовые павильоны приказано было срыть до основания, а на их месте возвести новый дворец. Начальник Экспедиции Кремлёвского строения Михаил Михайлович Измайлов поручил составить новые проекты дворца одновременно В.И. Баженову и М.Ф. Казакову. Однако в январе 1786 г. проект В.И. Баженова был отклонён, а сам он отстранён от строительства в Царицыне и близлежащих сёлах Булатникове и Конькове (где намечались дворцы для великих князей) и отправлен в отпуск. Строительство было поручено М.Ф. Казакову, назначенному главным архитектором Экспедиции Кремлевского строения. В августе 1786 г. М.Ф. Казаков уже имел чин надворного советника. Но из-за военных расходов государства финансирование строительства в Царицыне постоянно урезалось. Только к 1789 г. возвели первый этаж большого дворца. В 1793 г. было приказано достроенный лишь наполовину дворец спешно завершить, и возвести под крышу. После смерти Екатерины II в 1796 г. недостроенное здание, как и многие другие грандиозные проекты императрицы, забросили. М.Ф. Казакову, по-видимому, был передан частный заказ, выполнявшийся В.И. Баженовым для М.М. Измайлова. Строительство белокаменной Владимирской церкви в усадьбе Быково (ныне Раменского района Московской области) было начато в 1783 г. Проект, выполненный, как полагают исследователи, В.И. Баженовым, исследователи относят к концу 1770 гг. (А.Г. Борис предполагает, что постройка была закончена в конце 1780 гг. под руководством М.Ф. Казакова). Несколько видоизменив первоначальный проект, он пристроил к овальному в плане двухэтажному храму, схожему по композиции с Преображенской церковью (1783–1788 гг.) в Вифанском монастыре близ Троице-Сергиевой лавры, двухэтажную трапезную с парными башнями-колокольнями и полукруглой лестницей на западном фасаде.