Храм не действовал с 1937 по 1942 гг., но частично сохранил внутреннее убранство, в частности, резные деревянные золочёные иконостасы и часть киотов в стиле русского «узорочья». Неосуществлённый проект постройки православной церкви при Русской дипломатической (духовной) миссии в Сеуле (1904, 1910 гг.; Российский государственный исторический архив) представляет собой первый пример обращения В.А. Косякова исключительно к формам неорусского стиля. Одноглавый центричный храм, в основе плана которого – квадрифолий, должен был иметь щипцовое завершение фасадов, столпообразную звонницу псковского типа над притвором, полуциркульную в плане алтарную апсиду и соответствующий декор, однако был спроектирован симметричным и в достаточно суховатых формах. Другим примером исследователи называют «купеческую» церковь Николая Чудотворца в Лоцманском селении (совместно с Владимиром Антоновичем Косяковым; ныне в черте посёлка Лебяжье Ломоносовского района Ленинградской области, Приморская ул., 18; 1913–1917 гг.). Прямоугольная в плане базиликального типа церковь имела завершение в виде глухого луковичного пятиглавия (утрачено) и шатровой колокольни над притвором. Храм оштукатурен, отличается сдержанным асимметричным декором в неорусском стиле: крыльца «псковского» типа, оконные наличники, пояс бегунца в завершении высокой центральной апсиды, оформление яруса звона, круглые столбы и «готические» нишки в интерьере. Бесстолпный храм перекрыт сомкнутым сводом. Ряд храмовых сооружений В.А. Косякова не сохранился до настоящего времени. В.А. Косяков совместно с Антонием Ивановичем Носалевичем в 1904 г. спроектировал деревянную церковь Христа Спасителя в русском стиле у станции Дюны. В Поречской общине В.А. Косяков спроектировал трапезную церковь Серафима Саровского (1904–1905 гг., сгорела в 1944 г.). Церковь Николая Чудотворца близ станции Саблино (в современном посёлке Ульяновка Тосненского района Ленинградской области) была построена в 1906–1908 гг., закрыта в 1933 г., в 1943 г. сгорела (на его фундаментах в 2002–2003 гг. построена часовня во имя царевича Алексия). В 1908–1909 гг. В.А. Косяков совместно с Г.А. Косяковым осуществил проект устройства нижней Никольской церкви в церкви блаженного Андрея Юродивого при доме призрения Андрея Ивановича Тименкова и Владимира Александровича Фролова (Санкт-Петербург, Арсенальная набережная, 5; не сохранилась). Из-за нехватки средств не был реализован составленный В.А. Косяковым проект (1902 г.) каменного храма на 1,2 тыс. человек в московско-ярославском стиле XVII в. при морском и сухопутном артиллерийских полигонах на Пороховых близ Санкт-Петербурга. В 1911 г. В.А. Косяков спроектировал каменную церковь в селе Коваши Петергофского уезда (по мнению исследователей, также не построена). К 1910 г. исследователи относят один из самых значительных проектов В.А. Косякова – военный собор апостолов Петра и Павла на Петровской горе в Выборге, возведённый в память 200-летия присоединения города и крепости к России. Проект пятиглавого храма был выполнен в стиле монументального ретроспективизма, с достаточно сдержанным декором. Закладка произошла в 1910 г., здание было доведено почти до карниза, но когда город оказался в составе независимой Финляндии, постройка в 1920 гг. была разобрана, и на её фундаментах соорудили архив. В разное время В.А. Косяков принимал участие в перестройке и реконструкции ряда столичных храмов. В 1893 г. спроектировал двукратное расширение Преображенской церкви при первой гимназии (ул. Правды, 11), освящённой 3 сентября 1895 г. в память события в Оцу.