В ходе различных инквизиционных процессов Томмазо Кампанелла обвинялся во множестве ересей, при этом обвинения подкреплялись доносами свидетелей, будто бы лично слышавших проповедь Томмазо Кампанеллы соответствующих еретических и антихристианских положений. Например, в относящихся к неапольскому процессу (1600 г.) протоколах допросов свидетелей по делу Томмазо Кампанеллы утверждается, что он не верит в божественность Христа; отрицает догматическое учение о Святой Троице; считает христианство изобретением человека, а таинство евхаристии – суеверием; намеревается написать новый «закон», который будет лучше, чем христианский; полагает, что Бог – это природа, не верит ни в демонов, ни в бессмертие души, ни в рай, ни в ад. Тем не менее, Томмазо Кампанелла не признавал справедливость большинства обвинений против него, а из его сохранившихся сочинений исследователи делают вывод не о радикальном отрицании им христианства, но лишь о некоторых неортодоксальных идеях, о попытках видоизменить и оригинально истолковать положения христианской догматики. В связи с этим наиболее обоснованной исследователям представляется позиция Романо Америо, который признаёт, что в ранний период Томмазо Кампанелла действительно высказывал еретические и даже антирелигиозные мнения (кульминацией этого периода является написание «Города Солнца»), однако впоследствии он вернулся к католической ортодоксии и к признанию христианства единственно истинной и абсолютной религией. Сходную оценку давал и Александр Хаимович Горфункель, отмечая при этом, что, хотя Томмазо Кампанелла вполне искренне считал себя католиком, теоретические взгляды философа были не во всём приемлемы для католической ортодоксии, поскольку Томмазо Кампанелла стремился к созданию новой теологии, преобразованной в соответствии с изменениями в естественных науках. Томмазо Кампанелла считал, что основные истины христианской религии могут быть доказаны и защищены от нападок атеистов с помощью рациональных доводов. Попытку рациональной защиты христианства он предпринял в трактате «Побеждённый атеизм». В начале трактата Томмазо Кампанелла идентифицирует себя с «человеческим разумом» («intellectus humanus»), задачей которого является обозреть все существующие формы религиозного культа и все аргументы, выдвигавшиеся когда-либо против религии сторонниками атеизма (последних Томмазо Кампанелла также называет макиавеллистами по имени Николо Макиавелли (1469–1527 гг.), защищавшего в своих сочинениях религиозную индифферентность и моральный релятивизм). Томмазо Кампанелла был убеждён, что естественного разума достаточно для богопознания, и что верно следующий своему разуму человек способен самостоятельно достичь той истины, которая содержится в религиозном откровении христианства. Его рассуждения о роли естественного разума в богопознании во многом предвосхищают последующие концепции приверженцев деизма и сторонников учения о естественной религии, однако в отличие от них Томмазо Кампанелла считал, что истинной религией является не абстрактная вера в Бога, а историческое христианство.