5 октября 1923 г. решением Крымского центрального исполнительного комитета Советов рабочих, крестьянских, красноармейских и военно-морских депутатов обитель была ликвидирована, здания переданы сельскохозяйственной артели из села Отузы (ныне посёлок Щебетовка Феодосийского района), храмы переоборудованы под клуб и общежитие, в 1928 г. купола сбиты. В декабре 1926 г. тот же исполком принял решение: «Успенскую и Серафимскую церкви бывшего Кизилташского монастыря в Судакском районе, как фактически закрытые в 1923 г. в момент закрытия монастыря считать ликвидированными». Последний настоятель Кизилташского монастыря иеромонах Софроний (Дубинин) некоторое время окормлял небольшую женскую общину в районе Кизилташа, затем был сослан в Чернигов, где вскоре скончался. В 1930–1941 гг. территорию Кизилташа занимал дом отдыха ВВС Московского военного округа. Во время Великой Отечественной войны (1941–1945 гг.) в монастыре находилась база феодосийского партизанского отряда, в 1945–1950 гг. – санаторий Московского военного округа. Во второй половине 1940 гг. ряд населённых пунктов Крыма подвергся переименованиям. Так, в 1948 г. село Кизилташ стало называться Краснокаменкой. В 1950 г. по распоряжению заместителя председателя Совета министров СССР Лаврентия Павловича Берии все сооружения бывшего монастыря были взорваны, в скалах прорублены ходы и размещён арсенал ядерных боеголовок Черноморского флота. Военный городок подчинялся непосредственно 12-му Главному управлению Министерства обороны СССР. В 1992 г. ядерный арсенал был вывезен из Крыма. В 1995 г. в здании Дома офицеров Краснокаменки было совершено пасхальное богослужение; 28 июля 1995 г. для служения на территории военного городка был переведён из первой бригады морской пехоты Вооружённых Сил Украины священник Николай Демьянюк. 15 апреля 1997 г. в ходе расширенного заседания Священного Синода митрополит Симферопольский и Крымский Лазарь (Швец) доложил об открытии Кизилташского монастыря. 29 октября 1998 г. Государственный комитет Украины по делам религий зарегистрировал устав обители. В декабре 1998 г. в симферопольском Свято-Троицком кафедральном соборе настоятель обители священник Николай Демьянюк был пострижен в монашество с именем Никон, в 2002 г. возведён в сан игумена (ум. 4 ноября 2015 г.). На месте бывшего монастырского пастбища построена и освящена церковь во имя Всех святых Киево-Печерских (2002 г.), в которой хранятся частицы мощей святителей Иннокентия (Борисова), Луки (Войно-Ясенецкого), патриарха Тихона (Беллавина), великомучеников Пантелеимона и Георгия Победоносца, преподобного Агапита Печерского, князя Александра Невского и др. Построены деревянная церковь во имя Серафима Саровского (2008–2010 гг.), братский корпус, трапезная, дом настоятеля, библиотека, хозяйственные службы. На старом фундаменте восстанавливается собор Стефана Сурожского. В 2013 г. площадь монастырских владений составляла 8,2 га. Подворьем Кизилташского монастыря является храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы (1819–1828 гг.) в городе Судак. 29 января 2016 г. Священный Синод Украинской православной церкви (Московского патриархата) назначил на должность наместника (игумена) Кизилташского монастыря архимандрита Марка (Александрова).