Со второй половины 1890 гг. в Кизилташском монастыре усугубился конфликт между насельниками. В 1897 г. часть братии во главе с монастырским священником Никитским, иеромонахом Афанасием, иеродиаконом Антонием и иеродиаконом Трифоном стала выражать недоверие настоятелю иеромонаху Маркиану, который, по их мнению, злоупотребляя служебным положением, допускал финансовые нарушения, поощрял доносы, осуществлял незаконное вскрытие и чтение писем иноков. Решением Таврической духовной консистории священник Никитский был переведён «на чёрные работы» в мужской монастырь Космы и Дамиана в Алуште, иеромонах Афанасий сослан в керченский Катерлезский во имя великомученика Георгия монастырь, иеродиаконам Антонию и Трифону сделан выговор. В начале XX в. настоятелем был назначен игумен Сергий, казначеем – иеродиакон Мирон, но им не удалось разрешить внутренние конфликты. В марте 1906 г. новым настоятелем стал бывший эконом архиерейского дома иеромонах Аркадий. Очередные зачинщики беспорядков, монахи Мамант и Максим, были переведены в Инкерманский во имя священномученика Климента, папы Римского и Бахчисарайский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыри. В феврале 1907 г. на подворье в городе Феодосия были зверски убиты монах Еразм и послушник Александр Гостищев. На месте преступления был найден окровавленный топор, но виновников обнаружить не удалось. 22 апреля 1920 г. Кизилташский монастырь был разграблен, возможно, бандами анархистов, которые скрывались в горах во время гражданской войны; из обители похищены деньги, документы, сберегательные книжки и процентные банковские бумаги на сумму 83135 руб. К концу 1920 г. на территории Кизилташского монастыря проживали архимандрит Мелхиседек, иеромонахи Дорофей (Тригуб), Моисей (Сидоренко), Клим (Лучкин), Григорий (Свищев), Михаил (Иваницкий), Александр (Скляревич), Феодор (Бабенко), Макарий (Кобец), Кирилл (Мосеенко) и Иоасаф (Железняк), девять иеродиаконов, два схимонаха, 14 монахов и десять послушников, псаломщик Г. Цильбербер, а также садовник М. Русяковский с женой, доярки А. Злаченова и Н. Каменкова. Некоторое время в Кизилташском монастыре подвизался иеродиакон Антоний (Корж), впоследствии арестованный и расстрелянный в 1938 г. В 1997 г. определением Священного Синода УПЦ он был причислен к лику местночтимых святых Крымской епархии, на архиерейском Соборе РПЦ 2000 г. установлено общецерковное почитание. В 1920 г. в некоторых постройках обители разместилась детская трудовая колония имени Михаила Ивановича Калинина. Вскоре насельники зарегистрировались как трудовая община. 7 мая 1921 г. постановлением Феодосийского уездного революционного комитета в бессрочное безвозмездное пользование «Кизилташской трудовой общине» были переданы здания двух монастырских церквей. В документах советских органов монастырь назывался «бывшим», а братия – «гражданами Кизилташской трудовой общины».