По свидетельству публициста и путешественника Евгения Львовича Маркова, «практический глаз Парфения скоро разоблачил плутни татар, управлявших судакскими садами русских владельцев и доводивших их почти всегда до грустного состояния. Некоторые из управляющих лишились своих мест по доброму совету Парфения». Кроме того, местные жители разоряли и монастырский лес. Когда в очередной раз игумен Парфений застал их на месте преступления (воровство), злоумышленники избили настоятеля. Обращения игумена Парфения к губернатору Тавриды А.А. Солнцеву и епископу Таврическому и Симферопольскому Алексию (Ржаницыну) оказались безрезультатными. Глава Таврической консистории протоиерей Григорий Брюховецкий не стал выяснять положение дел и в ответ на прошения игумена «отписал ему выговор» за «излишне прямые выражения, оскорбительные для должностных лиц». 22 августа 1866 г. игумен Парфений был убит на пути из Судака в монастырь. Чтобы скрыть следы преступления, злоумышленники сожгли тело настоятеля. Крестьянин Якуб из деревни Таракташ, искавший в лесу пропавших волов, встретил разбойников. Убийцы взяли с него клятву не выдавать их, запугали и даже по татарскому обычаю заставили есть землю. Однако Якуб проговорился, и их схватили. Дело обвиняемых в убийстве игумена Парфения рассматривал Феодосийский военно-полевой суд. Трое были приговорены к смертной казни через повешение. Останки игумена Парфения были собраны и 2 декабря 1866 г. по благословению епископа Таврического Алексия (Ржаницына) погребены недалеко от монастыря. На пожертвования судакской помещицы Д.И. Рудневой и других почитателей игумена был поставлен памятник из белого мрамора с чугунным крестом. Надпись на памятнике гласила: «Отец Парфений, игумен Кизилташской киновии, убит и сожжён таракташскими татарами 22 августа 1866 года на 51 году от рождения». В августе 2000 г. Архиерейский Собор РПЦ причислил игумена Парфения к лику святых (память 22 августа). 6 сентября 1866 г. Кизилташский монастырь возглавил иеромонах Николай (Левченко), в 1870 г. утверждён в должности настоятеля и 17 мая 1881 г. возведён в сан игумена. При нём насельники преобразовали в огороды и места для сенокосов около 7 десятин дикой земли. Шесть продольных террас, на которых располагались монастырские постройки, были обсажены фруктовыми деревьями. К этому времени монастырь имел 35 голов скота, в искусственном пруду разводили карпов. В 1870 г. в Кизилташском монастыре была выстроена и в 1871 г. освящена летняя каменная церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы с колокольней, а в 1885 г. на месте первой глинобитной церкви сооружён зимний храм во имя св. Стефана Сурожского с ризницей, кельями для пономаря и послушников. К концу XIX в. в Успенской церкви над царскими вратами находилась чтимая икона Успения Пресвятой Богородицы, обретённая пастухом в середине 1820 гг. в источнике Священной пещеры. При игумене Николае в Кизилташский монастырь был сослан за некие провинности иеромонах Сампсон, знавший «как никто все грибные и ягодные места».