Во второй половине XIX в. фольклорист Никандр Александрович Маркс записал сказание «Грибы отца Самсония», посвящённое иеромонаху. Этот рассказ, включённый в сборник легенд Крыма, возможно, основан на реальных событиях и свидетельствует о нравах, сложившихся в обители. По словам Е.Л. Маркова, игумен Николай – «человек не книжный, но зато бравый и деятельный хозяин, который отлично знает, как прививать черенки, как объездить лошадь, как подкараулить татарина на порубке монастырского леса. Он говорил с большим одушевлением о своей скотине, особенно о её необыкновенной сметливости, о своих коммерческих проектах, об урожае, о воровстве татар. Он был в миру торговым человеком и не покинул своих практических вкусов, надев рясу». Игумен Николай был уличён в пьянстве, и 14 сентября 1889 г. киновию возглавил иеромонах Митрофан. 13 мая 1890 г. настоятелем Кизилташского монастыря стал иеромонах Илия, бывший духовник Киево-Печерской лавры. При нём были выстроены трёхэтажный корпус с подвалом и несколько келий и флигелей, расчищен сероводородный источник, над которым поставлен деревянный сруб. В том же году игумен Илия обратился к епископу Таврическому и Симферопольскому Мартиниану (Муратовскому) с просьбой передать Кизилташскому монастырю земельный участок в 300 десятин. В прошении игумен сетовал на недостаток пахотной и пастбищной земли, а также обещал епископу на выделенном участке учредить начальную церковную школу для обучения 25 мальчиков. Епископ Мартиниан (Муратовский) отказал игумену Илии, посчитав, что у монастыря достаточно земельных владений. Получив отказ преосвященного, игумен нашёл способ расширить угодья монастыря, купив на собственные средства 70 десятин леса. В конце октября 1892 г. игумен Илия по болезни был уволен на покой, 14 сентября 1893 г. на его место назначен иеромонах Маркиан. К началу XX в. Кизилташский монастырь располагался на семи террасах, разбитых на горных склонах. Ему принадлежало 227 десятин земли (248 га), около 10 га занимали огороды, сад и виноградник. В монастырском хозяйстве было около сорока голов крупного рогатого скота, лошади, козы и домашняя птица. В саду рос ливанский кедр. На территории монастыря находились три пруда, источник в Священной пещере, а в балке – Монастырский ручей (Лагым-Узень). Были устроены колодцы близ Успенского храма и в Разбойничьей пещере (сохранился). У сероводородного источника на монастырской территории братия построила грязелечебницу. На 1894 г. доход обители составлял 18 179 руб. 79 коп.; чистая прибыль – 3960 руб. 53 коп. 21 марта 1905 г. император Николай II повелел приписать обители 232,7 кв. сажён земли в Феодосии для устройства подворья. Кизилташский монастырь посещали император Николай II с семьёй, художники Иван Константинович Айвазовский, Константин Фёдорович Богаевский, а также князь Лев Сергеевич Голицын, который считается основоположником русского виноделия в Крыму. К 1894 г. в Кизилташском монастыре проживали 65 насельников, к 1904 г. – игумен, 21 монах, 31 послушник.