В 1897–1898 гг. колокольня была перестроена. К 2015 г. верхняя половина колокольни утрачена (сгорела в 1933 г.), сохранившаяся её часть не используется. Создание архитектурного комплекса монастыря завершилось в 1684 г. строительством каменных переходов с двумя «большими и хорошего чертежа и фасада крыльцами», соединивших Никольский собор, колокольню и Успенскую церковь. К 2015 г. переходы не использовались и частично находились в аварийном состоянии, за исключением галереи, пристроенной к северной стене Никольского собора, в которой в 2005 г. устроен придел святых Евфимия, Антония и Феликса. Братский корпус (единственное гражданское каменное здание обители) много раз перестраивался. Первоначально был сооружён одноэтажный корпус с поварней, квасоварней и сушилом, впервые названный в отписи игумену Тихону от 22 декабря 1674 г. как «каменные поварни и сушило» (Государственный архив Архангельской области). Подробнее это строение представлено в отписи монастыря келарю старцу Арсению 20 апреля 1677 г. (Архив Санкт-Петербургского института истории РАН). В 1851–1852 гг. бывший поваренный корпус был перестроен в двухэтажный братский корпус с настоятельскими покоями; одновременно сооружена деревянная галерея на каменных столбах, соединившая корпус с каменными переходами между храмами. Согласно описи 1891 г., в корпусе (длина 30 сажён, ширина 8 сажён), «нижний этаж коего и средняя часть верхняго этажа каменные, а остальная часть верхняго этажа деревянная», на верхнем этаже находились пятикомнатные покои настоятеля (правящего архиерея), на нижнем – братские кельи, трапезная и келарская с кухней (Государственный архив Архангельской области). После 1920 г. второй этаж корпуса вместе с деревянной галереей был уничтожен пожаром. Впоследствии здание было перестроено для нужд ОАО ПО «Севмаш» с добавлением второго каменного этажа. К 2015 г. в корпусе располагались его производственные помещения. Часовня в честь Сретения Господня (1860 г.) над гробницей праведных Антония и Феликса, построенная на месте деревянной Сретенской церкви, стала последним каменным монастырским зданием. Согласно описи 1891 г., восьмиугольная часовня, диаметром 21/2 сажён и высотой 31/2 сажён имела деревянные купол и главу. Посредине часовни находилась деревянная гробница с чугунной плитой. На плите надпись: «Когда слава жизни бывает непричастна печали одно мгновение и все это смерть отнимает у нас. Дети знаменитой Марфы Новгородской посадницы Антоний и Феликс» (Государственный архив Архангельской области). В 1960 гг. здание было снесено.