При игумене Косме началась подготовка к каменному строительству в обители. Кирпич изготавливали на монастырских заводах, в 60 верстах вверх по Северной Двине. Подряд на производство кирпича был заключён с мастером Степаном Михайловым. Только с сентября 1663 г. по август 1664 г. «зделано кирпичю и обожжено 71 тысяча 700, ряда цены с тысячи по рублю по тринатцати алтын по две денги да необожженого кирпичю зделано 71 тысяча 300, ряда цены с тысячи по рублю по шти алтын по четыре денги», а 20 августа 1664 г. «новому подрядчику Степану Михаилову, галечанину, во сто тысячь, ряда с тысячи по сороку алтын, накрасно обжечь, наперед задатку дано десять рублев, взята запись». Однопрестольная Успенская церковь с примыкающей к ней одностолпной трапезной палатой (первое каменное здание обители) была заложена 29 мая 1664 г., а освящена 10 ноября 1667 г. В ноябре 1734 г. в результате «ветренной чрезмерной от севера морской бури», которая длилась двое суток, пострадали монастырские постройки, в том числе Успенская церковь, с которой снесло кровлю. В описи 1834 г. приводятся размеры храма: «...Мерою с олтарем, трапезою и прежней келарской» в длину – около 17 сажён 2 аршина, в ширину – около 5 сажён 2 аршина; трапеза с папертью – около 9 сажён 2 аршина; «в вышину церковь до кровли» – около 7 сажён; трапеза с келарской – около 3 сажён. Изначально церковь была пятиглавой, между 1819 и 1834 гг. перестроена в одноглавую (Государственный архив Архангельской области), между 1891 и 1903 гг. вновь стала пятиглавой (Государственный архив Архангельской области). Согласно описанию 1910 г., каменный пятиглавый Успенский храм, покрытый железом, окрашенным зелёной масляной краской, был в длину 19 сажён, в ширину 10 сажён, высота до верха карниза – 7 сажён; было 23 больших окна и 4 малых (на главках). Храм отапливался двумя печами. К трапезной примыкали комнаты (Российский государственный исторический архив). После 1920 г. купола и барабаны Успенской церкви были утрачены. В 1887 г. под Успенским храмом с северной стороны в келье, где в 1763–1767 гг. пребывал в заключении митрополит Ростовский Арсений (Мацеевич), архиепископ Архангельский и Холмогорский Нафанаил (Соборов) устроил церковь в честь Боголюбской иконы Божьей Матери. По описанию 1891 г., стены и свод были окрашены мелом, имелось маленькое окно с железной решёткой. Для входа в церковь с наружной стороны была устроена деревянная лестница в семь ступеней. В притворе на стене висели два поясных портрета Арсения (Мацеевича): в полушубке и в архиерейском облачении. Здесь же находилась деревянная колода с железным кольцом, к которой, по преданию, был прикован митрополит (Государственный архив Архангельской области)