Когда Константин IX Мономах стал императором, Никита и Иоанн приехали в Константинополь, чтобы напомнить ему о данном им обещании. Тот предложил выбрать в качестве образца для строительства монастырского храма любую церковь, кроме Святой Софии. Преподобные остановились на «малом храме святых Апостолов», который X. Бурас считает мавзолеем Константина I Великого, находящимся с восточной стороны знаменитой церкви св. Апостолов. Император отправил на Хиос архитектора и строительные материалы. Императорские хрисовулы обеспечили материальное благосостояние монастыря, и обитель освободили от налогов. Исследователям известны значительные пожертвования и грамоты Константина IX Мономаха, подтверждавшие права и привилегии монастырям на Святой Горе Афон: Великой Лавре (1048 г.), Иверскому монастырю, Ватопеду, монастырю Иера близ города Сампсон (Приена, Фракия). В 1045 г. Константин IX Мономах утвердил новый устав-типикон для всех монастырей Святой Горы, уточнявший многие правила типиконов X в. В 1053 г. поддержал монастырь преподобного Лазаря Галисийского, разрешив его общине занять гору Галесий (близ Эфеса) для основания своего монастыря, а спустя год утвердил его типикон. В 1052 г. по инициативе Никиты Стифата, поддержанной Константинопольским патриархом Михаилом I Кируларием (1043–1059 гг.), в Константинополь были перенесены мощи св. Симеона Нового Богослова. Главным объектом интересов Константина IX Мономаха как мецената в Константинополе был монастырь великомученика Георгия Победоносца в Манганах. На территории монастыря размещались два храма, помещения для монахов, дворцовые покои Константина IX Мономаха, а позднее и других императоров. Монастырь получил полный иммунитет от выплат в казну; ему предписывалось давать кров монахам горы Олимп Вифинский и монастыря Неа-Мони во время их поездок в Константинополь. В праздник св. Георгия рядом с монастырём совершались крестные ходы. При монастыре была организована большая библиотека, которой при Константине IX Мономахе пользовались сотрудники юридической школы (просуществовала до XV в.). Внешняя политика Константина IX Мономаха была, в основном, пассивной. Византия отражала нападения на всех границах и даже расширяла свои владения в Закавказье, хотя её положение постепенно ухудшалось. Уже в конце 1040 гг. империя с трудом справлялась с войнами одновременно на фронтах в Закавказье, Италии и на Балканах. Византия почти не имела союзников, что делало её положение уязвимым при возможных обострениях ситуации в будущем. В июне 1043 г., сразу после победы над Георгием Маниаком, Константинополь подвергся неожиданному нападению русской флотилии под командованием князя Владимира Ярославича и воеводы Вышаты. Причины нападения Киевской Руси на Константинополь исследователям неизвестны. Как предлог были использованы некие оскорбления, нанесённые русским купцам в Константинополе в прежние годы; однако исследователи полагают, что едва ли частные споры оправдывали столь масштабную экспедицию, которую великий князь Ярослав (Георгий) Владимирович Мудрый готовил несколько лет.