Исследователи полагают, что Константин IX Мономах планировал в будущем возвести Марию Склирену на престол, рассчитывая, что и он, и Мария Склирена переживут престарелых Зою и Феодору; однако Мария Склирена умерла от чахотки уже около 1045 г. Против Константина IX Мономаха было организовано два крупных военных мятежа. Весной-летом 1043 г. произошла ссора между Константином IX Мономахом и полководцем Георгием Маниаком, которому Константин IX Мономах не доверял и объявил о смещении с поста дуки Италии. Георгий Маниак отказался подчиниться и бежал со своими сторонниками из Италии в Диррахий (ныне Дуррес, Албания), где к нему присоединилась значительная часть войск ближайших фем. Он начал поход на Константинополь, встретился с императорским войском севастофора Стефана под Фессалоникой, одержал победу в сражении, но был убит случайным ударом копья. В связи с разгромом мятежа в Константинополе был устроен триумф: Константин IX Мономах принимал парад, восседая на балконе дворцовых ворот Халка; на ипподроме показывали насаженную на шест голову Георгия Маниака. В 1047 г. мятеж поднял Лев Торник, которого поддерживали Евпрепия и так называемая партия македонцев (военные землевладельцы Македонии, прежде составлявшие, по мнению исследователей, ядро сторонников македонской династии). Не доверяя Льву Торнику, Константин IX Мономах в начале своего правления отправил его командовать войсками в Иверии, затем приказал постричь в монахи и держал под надзором в Константинополе. Однако Лев Торник бежал, отказался от монашеских обетов и провозгласил себя императором в Адрианополе (ныне Эдирне, Турция). Быстро собрав войско, 25 сентября 1047 г. подошёл к стенам Константинополя и несколько дней осаждал город, рассчитывая на восстание против Константина IX Мономаха недовольных горожан. Однако Константин IX Мономах наскоро собрал небольшие отряды для обороны стен и вызвал с восточных границ главные силы византийского войска. Настойчивая оборона Константинополя вынудила Льва Торника вскоре отступить; он пытался укрепить своё положение во Фракии, захватить Редест (Родосто, ныне Текирдаг, Турция) и несколько других крепостей, но не имел успеха. Под влиянием неудач в конце осени войско Льва Торника стало небоеспособным. Лев Торник был окружён прибывшими войсками, схвачен и доставлен в Константинополь, где 27 декабря был ослеплён по приказу Константина IX Мономаха. В конце 1040 гг. покушение на Константина IX Мономаха готовил член синклита, по происхождению варвар, как уверяет Михаил Псёлл, не назвавший его имени. Злоумышленник сумел пробраться во дворец, но был остановлен стражей у покоев Константина IX Мономаха и казнён вместе с несколькими сообщниками, которых он оговорил под пытками. Около 1051 г. придворный актёр Роман Воила был заподозрен в намерении свергнуть Константина IX Мономаха. Однако Константин IX Мономах, скорее всего, как полагают исследователи, воспринимал разговоры придворных на эту тему как сплетни и временно выслал Романа на остров Принкипо для успокоения своего окружения.