Спустя краткое время известный придворный ритор Михаил Псёлл был назначен «ипатом философов», чтобы объединить в рамках той же школы учеников, специализировавшихся на риторике и грамматике, и контролировать деятельность других столичных школ подобной специальности. Около 1050 г. Иоанн Ксифилин в результате интриг был вынужден оставить пост и принял монашеский постриг на горе Олимп Вифинский. Преподавание в юридической школе перешло, в основном, к нотариям и другим юристам-практикам; научное изучение юриспруденции развивалось медленно. Таким образом, реформа системы образования Константина IX Мономаха была лишь частичной, она не привела к основанию либо реорганизации университета. Целью Константина IX Мономаха было собрать в рамках единой структуры лучших учителей, которые жили в столице, обеспечить их помещениями и финансами для организации преподавания. Став императором, Константин IX Мономах выглядел (или стремился выглядеть) в общественном мнении как благотворитель и покровитель монашества, жаловал большие средства на содержание различных монастырей и храмов. Вскоре после восшествия на престол в 1042 г. он выделил средства на восстановление храма Гроба Господня (Воскресения Христова) в Иерусалиме, который подвергся разрушениям в 1009 г. по приказу египетского халифа аль-Хакима (996–1021 гг.), а затем при землетрясении в 1033 г. Договор о восстановлении храма был заключён вскоре после землетрясения между императором Романом III и халифом аз-Захиром (1021–1036 гг.), но из-за нестабильного политического положения в Византии не реализовывался почти десять лет. Константин IX Мономах возобновил переговоры по этому вопросу с халифом аль-Мустансиром (1036–1094 гг.) и в течение нескольких лет провёл восстановление и реконструкцию храма, а также ряда других христианских мест паломничества на Святой земле; на перестройку стен Иерусалима была направлена часть налогов, собираемых византийской казной с жителей Кипра. На территории самой Византии на средства, выделенные Константином IX Мономахом, был полностью отстроен монастырь Неа-Мони на Хиосе, который превратился в один из богатейших монастырей империи того времени. Константин IX Мономах вёл постоянную переписку с братией монастыря и неоднократно даровал ему имения, доходы от императорских земель, сделал монастырь не зависимым от местных епископов, переводил монахов из Неа-Мони в свой дворцовый монастырь в Манганах. Предание об основании Неа-Мони сохранилось в поздних источниках – в службе преподобным Никите, Иоанну и Иосифу Хиосским, написанной игуменом Неа-Мони Никифором и изданной в Венеции в 1804 г. Но оно, по мнению исследователей, может быть основано на реальных документах, которые хранились в монастырском архиве, погибшем во время хиосской резни 1821 г. Этим трём преподобным было открыто, что живущему в ссылке на Лесбосе Константину IX Мономаху вскоре суждено взойти на императорский престол. Преподобные Никита и Иосиф отправились на Лесбос и возвестили ему об этом. Они просили его, когда это пророчество сбудется, выделить средства на строительство храма в их монастыре. Константин IX Мономах в залог того, что сдержит своё обещание, дал преподобным свой перстень.