Однако после кончины Лаврентия Дублинскую кафедру занял архиепископ Джон Комин (1181–1212 гг.), ставленник английского короля, который стремился ликвидировать кафедру Глендалоха и включить её земли в состав диоцеза Дублин, чтобы английские власти могли контролировать горы Уиклоу, где укрылись потомки ирландских правящих династий (роды И Туатал (О'Тул), И Бронь (О'Бирн) и др.), совершавшие набеги на земли английской колонии. Сопротивление ирландцев во главе с аббатом Фомой, который добился подтверждения прав Глендалоха от папы Римского и короля Англии, помешало Комину реализовать свой план, но архиепископ назначил на кафедру своего ставленника, епископа Уильяма Пиро (ум. в 1212 г.). После его кончины архиепископ Генрих Лондонский (1213–1228 гг.), принявший участие в заседаниях четвёртого Латеранского собора, добился от Римской курии ликвидации кафедры в Глендалохе, который якобы стал логовом разбойников. Присоединение епископства к диоцезу Дублин было провозглашено папой Иннокентием III в булле «Illa sollicitudo» (25 февраля 1216 г.) и в октябре 1216 г. подтверждено папой Гонорием III. Владения кафедры отошли архиепископу, а приорат Спасителя был подчинён соборному приорату Святой Троицы в Дублине. Вскоре была упразднена должность аббата (во второй четверти XIII в. её занимал Тадг О Туатал, по мнению исследователей, племянник Фомы). В середине XIII в. в Глендалохе существовали соборная церковь, которую возглавлял приор, августинский приорат Спасителя и приорат Скалы (prioratus de Rupe), скорее всего, как полагают исследователи, находившийся на месте Пустыни Коэмгена. Однако англичанам так и не удалось установить прочный контроль над Глендалохом: к концу XIII в. ирландцы, жившие в горах, перестали подчиняться властям колонии, а к середине XIV в. О'Тулы захватили принадлежавший архиепископу замок Каслкевин. В 1398 г. в ходе военных действий против ирландцев англичане сожгли Глендалох; считается, что после этого поселение пришло в упадок, некоторые церкви были заброшены. В XV в. должность архидиакона Глендалоха нередко занимали представители рода О'Бирн, которые, по мнению исследователей, пытались восстановить епископскую кафедру (исследователям известно о нескольких епископах Глендалоха, назначенных Папским престолом в конце XV в.). Глендалох оставался под контролем О'Бирнов и О'Тулов до XVII в. После ряда мятежей и Девятилетней войны (1594–1603 гг.) основные владения ирландских вождей были переданы английским колонистам, а в результате неудачного восстания 1641–1652 гг. ирландцы утратили все земли в горах Уиклоу. По мнению исследователей, после проведённых конфискаций церкви Глендалоха были заброшены. Согласно актам протестантской визитации 1630 г., храмы не действовали, но в день памяти Коэмгена там собирались паломники во главе с католическим духовенством. О паломничествах, приуроченных к дню памяти святого (3 июня), упоминается и в более поздних источниках, несмотря на попытки властей прекратить этот «суеверный» обычай. Так, в июне 1714 г. протестанты во главе с шерифом графства Уиклоу прогнали паломников, уничтожили каменные кресты и засыпали почитаемые источники. Ежегодные собрания паломников в Глендалохе были запрещены католическим духовенством в середине XIX в. как утратившие религиозный характер. Усилиями пресвитера Юджина Кларка в Лара близ Глендалоха была построена католическая приходская церковь св. Коэмгена (1846–1849 гг.). Благодаря интересу к ирландским древностям к Глендалоху было привлечено внимание общественности; самое подробное описание церковного комплекса составил весной 1840 г. О'Донован.