Однако А.Ф. Керенский утверждал, что, «предоставляя церкви полную свободу в её внутренней жизни, правительство не может не порвать тех пут, которые мешают новому строю стать внеконфессиональным». По существу А.Ф. Керенский отказался учесть пожелания представителей Собора, заявив, что закон об упразднении церковноприходских школ «никоим образом не может быть отменён». Доклад о ходе переговоров с А.Ф. Керенским Кирилл сделал на Соборе 14 октября 1917 г., незадолго до падения Временного правительства. 30 октября 1917 г., на первом этапе выборов на поместном Соборе патриарха Московского и всея России, за Кирилла было подано 27 голосов (второе место). В последующих голосованиях для определения кандидатов для выбора патриарха по жребию (нужно было набрать не менее 155 голосов) за Кирилла было подано соответственно 102 голоса (пятое место), 77 голосов (третье место) и 35 голосов (третье место). 5 ноября Кирилл сослужил с другими архиереями и иереями из числа членов поместного Собора литургию в московском храме Христа Спасителя перед избранием с помощью жребия патриархом Тихона. 7 декабря 1917 г. Кирилл был избран на Соборе заместителем члена Священного Синода. 1 апреля 1918 г. постановлением патриарха и Священного Синода Кириллу определено было быть митрополитом Тифлисским и Бакинским, экзархом Кавказским. Оставшиеся в Закавказье после восстановления автокефального управления Грузинской православной церкви русские православные приходы уже длительное время были без архипастырского окормления. 19 мая того же года Кирилл прибыл по морю в Баку, но доехать до Тифлиса (ныне Тбилиси) не представлялось возможным из-за ожесточённых боевых действий в Закавказье. В Баку, который находился в то время под контролем советских властей, Кирилл приступил к созданию местного церковного управления, положив начало организации самостоятельной Бакинской православной епархии. 22 мая под председательством Кирилла было проведено общее собрание представителей приходов Баку. Собрание городских приходов вынужденно заменило епархиальное собрание, т.к. православные приходы в Ленкоранском, Джеватском и Кубинском уездах в январе-марте 1918 г. были разгромлены, и духовенство с прихожанами бежали оттуда в Баку. На собрании были избраны члены Временного епархиального совета и делегаты на поместный Собор. Рапортом от 14 июня 1918 г. Кирилл известил патриарха Тихона об учреждении Временного епархиального совета для управления Бакинской епархией и попросил утвердить его членов. 5 июля 1918 г. патриарх Тихон и Священный Синод, согласно ходатайству Кирилла, утвердили состав Временного Бакинского епархиального совета (Российский государственный исторический архив). 4 июля 1918 г., во время пребывания Кирилла в Баку, он был избран состоявшимся в Нижнем Новгороде епархиальным съездом на Нижегородскую кафедру (216 голосами из 324). Однако патриарх Тихон высказался за оставление Кирилла в прежней должности митрополита Тифлисского и Бакинского, что было утверждено постановлением патриарха и Священного Синода от 21 октября 1918 г.