В королевской армии, где было много пуритан, начались волнения. Карл I был вынужден пойти на переговоры с шотландцами. 26 октября 1640 г. воюющие стороны заключили Рипонское перемирие, по которому король обязался выплатить деньги шотландским войскам, занявшим шесть северо-английских графств. Карл I созвал парламент для получения одобрения на введение нового налога, чтобы собрать деньги для выплаты шотландцам. Парламент, получивший название «Долгий», отказал королю, обвинил в государственной измене королевских советников и поддержал требования шотландских ковенантеров. 21 июня 1641 г. между Англией и Шотландией был заключён Лондонский мир. Карл I обязался утвердить все постановления шотландского парламента, принятые с начала восстания в 1637 г., объявить амнистию участникам мятежа, армия ковенантеров должна была получить денежную компенсацию в размере 300 тыс. фунтов стерлингов, и до её выплаты оставаться на территории занятых северо-английских графств. Парламент Шотландии исключил из своего состава представителей духовенства, ликвидировал Комитет статей, а ковенант был объявлен обязательным к подписанию для всех граждан страны. На фоне начавшейся в Англии революции Карл I был вынужден утвердить решения шотландского парламента и цели, которые ставили перед собой ковенантеры, были достигнуты. Однако уже в парламенте 1639 г. проявились противоречия между двумя направлениями ковенантского движения: умеренного (маркиз Монтроз и лорд Гамильтон, выступившие за предоставление королю права назначить своих представителей в Комитете статей) и радикального во главе с графом Аргайлом, который добивался равного представительства всех сословий в комитете. После упразднения Комитета статей и исключения из парламента духовенства в Шотландии по примеру Англии был утверждён так называемый Трёхгодичный акт: парламент должен был собираться не реже одного раза в три года, а король лишался права на его роспуск; высшие должностные лица становились подотчётными парламенту. Таким образом, в начале 1641 г. в Шотландии образовалась парламентская монархия. Влияние умеренных ковенантеров (Джон Лесли, графа Роутса, Джона Элфинстона, лорда Балмерино, маркиза Монтроза) постепенно уменьшилось, и на первый план вышли радикалы во главе с графом Аргайлом. Визит короля в Шотландию осенью 1641 г. и его переговоры с ковенантерами не привели к увеличению числа его сторонников, хотя он и назначил Джона Кэмпбелла, графа Лаудона, канцлером, графа Аргайла – казначеем, командующий Александр Лесли получил титул графа Ливен. Гражданская война в Англии поставила ковенантеров перед выбором: принять сторону парламента или короля. Предпосылки для сближения Английской и Шотландской церквей возникли в ходе развития Английской революции и движения ковенантеров в Шотландии. В Долгом парламенте Англии большинство перешло к пуританам, чьи религиозные воззрения были близки к пресвитерианству. Начавшаяся в 1642 г. гражданская война между сторонниками короля и парламента и первые победы роялистов, помощь которым оказали ирландские католики, заставила английский парламент обратиться за поддержкой к Шотландии.