До этого времени многие ковенантеры сохраняли внешнюю лояльность по отношению к королю, несмотря на их противодействие религиозной политике шотландского правительства. Р. Камерон прервал традицию лояльного отношения, обличая Карла II и его брата Якова как папистов и призывая короля отречься от престола. Его соратник Д. Каргилл на одном из тайных собраний отлучил короля и его брата от церкви. Камерониане призывали к восстановлению «истинного» пресвитерианства и призывали к активным выступлениям против королевской тирании и к неповиновению гражданским и церковным властям. Правительство ужесточило репрессии, начались казни (позднее этот период в истории ковенантеров получил название «Смертоносные времена»). Р. Камерон был убит в июле 1680 г. в стычке с правительственными войсками в Эйрдс Мосс, но его последователи, хотя и немногочисленные, были известны ещё и в первой половине XVIII в. Всего же, по некоторым данным, в 1660–1681 гг. погибло около 18 тыс. ковенантеров. Английская «Славная революция» 1688–1689 гг. была положительно встречена и поддержана большинством шотландских пресвитериан, в том числе и умеренными ковенантерами. После заключения англо-шотландской династической унии Вильгельм III Оранский (1689–1702 гг.) и Мария II Стюарт (1689–1694 гг.) стали соправителями Англии (13 февраля 1689 г.) и Шотландии (11 апреля 1689 г.). В 1690 г. был принят закон о восстановлении пресвитерианской Церкви Шотландии со всеми правами и привилегиями, данными «Золотым законом» 1592 г. Церковь Шотландии была обязана придерживаться «Вестминстерского исповедания веры» 1644 г. Высшим органом власти провозглашалась Генеральная ассамблея, но главой церкви являлся монарх. Изменения в церковной организации становились законом только после соответствующей ратификации парламентом. Церковные власти вели решительную борьбу против сторонников епископата, выступавших в рядах якобитского движения, и против радикальных ковенантеров. После смерти Вильгельма III в Шотландии возник конституционный кризис, который закончился парламентской унией 1707 г., объединившей Англию и Шотландию в единое государство с общим парламентом. «Акт о безопасности Церкви Шотландии» подтверждал её пресвитерианское устройство. Хотя основная масса ковенантеров вошла в состав официальной Церкви Шотландии, несколько радикальных групп, в том числе камерониане, остались за её пределами. В 1743 г. они объединились в Реформированную пресвитерианскую церковь. В конце XVII – начале XVIII вв. ковенантеры переселялись в Ирландию (Ольстер), а оттуда – в Северную Америку. Первым переселенцем-ковенантером принято считать проповедника У. Теннанта, который приехал с семьёй в Филадельфию в 1717 г. Политические события в Ирландии, такие как восстание 1798 г., также привели к массовой эмиграции ковенантеров в Северную Америку. Хотя ковенантеры и не поддерживали ни одну из сторон, они отказались принести клятву верности, и британские власти стали преследовать их как мятежников. Ковенантеры, эмигрировавшие из Шотландии и Ирландии, создали в Северной Америке Реформированную пресвитерианскую церковь. Они были ярыми сторонниками отделения Шотландии от Великобритании, и многие из ковенантеров стали добровольцами революционной армии. В настоящее время Реформированная пресвитерианская церковь в Америке насчитывает около 4000 тыс. членов.