Эндрю Мелвилл составил «Вторую книгу порядка», которая была принята Генеральной ассамблеей в 1578 г. В ней была осуждена епископальная форма управления церковью, и излагалось пресвитерианское учение об управлении церковью на основании завета. Во «Второй книге» подтверждалась независимость церкви от гражданских властей и тот факт, что права и власть церкви происходят непосредственно от Бога. Христос, согласно Новому Завету, является главой церкви и правит с помощью Своего Слова и Святого Духа, поэтому церковь получила свои полномочия от Бога, без посредничества государя, как это утвердилось в Англии, где любая власть, духовная или гражданская, происходила от монарха. Таким образом было определено, что существуют две параллельные сферы полномочий (понятие «двух царств» подразумевалось, но не упоминалось). В 1570 г., после убийства графа Морея, в Шотландии началась гражданская война между сторонниками Марии Стюарт и Якова VI, через три года при посредничестве Елизаветы I стороны подписали Пертское примирение (23 февраля 1573 г.), по которому королём Шотландии признавался Яков VI. На несколько лет воцарился мир, который удавалось поддерживать регенту короля графу Мортону. В 1578 г. радикально настроенные Джеймс Стюарт, граф Атолл, и Колин Кэмпбелл, граф Аргайл, захватили Якова VI и объявили его совершеннолетним, тем самым положив конец регентству графа Мортона. В 1579 г. шотландский парламент восстановил пресвитерианскую форму правления. В 1581 г. Дж. Крейг, последователь идей Джона Нокса, составил документ, который получил несколько названий: «Второе шотландское исповедание», «Королевское исповедание», «Негативное исповедание» и «Национальный завет». В нём подтверждалось «Исповедание веры» 1560 г. и вновь был выражен протест против папизма: «...Тирании римского антихриста над Священным Писанием, над Церковью, гражданским магистратом и совестью людей; против всех его тиранических законов, направленных на свержение христианской свободы…, против пяти его поддельных таинств со всеми их обрядами, церемониями и ложными учениями, добавленных к истинным Таинствам, но не имеющих подтверждения в Слове Божьем; против его жестокого осуждения младенцев, лишённых Таинства крещения; против его учения об абсолютной необходимости крещения; против его богохульного взгляда на пресуществление; против его дьявольской мессы, богохульного священства, нечестивого жертвоприношения за грехи мёртвых и живых..., против его земной монархии и греховной иерархии; против трёх его торжественных обетов, ошибочных и кровавых декретов, принятых на Тридентском соборе, со всеми принадлежащими этой жестокой и кровавой организации подписавшими и одобрившими всё это вопреки Церкви Божьей». 28 января 1581 г. в Эдинбурге документ подписали Яков VI, его двор и многие дворяне и служители церкви, а в марте того же года – утвердили Генеральная ассамблея и представители трёх сословий. В июне 1583 г. Яков VI поставил во главе правительства умеренного консерватора Джеймса Стюарта, графа Арранского (с 1584 г. – лорд-канцлер Шотландии), который не поддерживал идей пресвитерианства о выводе церкви из-под контроля государства и заключил союз с Англией.