Основные принципы и церковная иерархия пресвитерианства, заложенные Джоном Ноксом и Эндрю Мелвиллом, были сохранены, однако усилилась власть короля, прежде всего, в сферах назначения на должности духовенства и его финансового обеспечения. Так же был восстановлен епископат. Сложилась система «якобитского компромисса», главным идеологом которой стал архиепископ Джон Споттисвуд. После вступления в 1625 г. на престолы Англии и Шотландии короля Карла I Стюарта влияние архиепископа усилилось. В 1633 г. он короновал Карла I шотландским королём, а в 1635 г. был назначен лорд-канцлером Шотландии. Карл I стал первым шотландским королём, который постоянно отсутствовал в стране. Если Яков I пытался ввести новые порядки, в том числе епископат, действуя через традиционные органы управления страной, парламент и Генеральную ассамблею, то все нововведения Карла I были прямыми и не учитывали шотландских политических и религиозных реалий. В 1625 г. король издал «Акт о ревокации», отменявший все королевские земельные пожалования, начиная с 1540 г. В основном, это касалось бывших церковных земель, которые дворяне могли сохранить в собственности при условии выплаты денежной компенсации в поддержку церкви. Этот указ затронул большую часть шотландских дворян, и вызвал массовое недовольство, но король отказался рассматривать их письменный протест. В 1626 г. король прекратил созывы парламента и Генеральных ассамблей Церкви Шотландии и возобновил их лишь в 1633 г. для санкционирования королевских реформ в сфере богослужения. Но на парламенте 1633 г. король натолкнулся на решительное сопротивление своей политике со стороны оппозиции, потребовавшей восстановления прав и свобод парламента. Религиозная политика Карла I связана с именем Кентерберийского архиепископа Уильяма Лода, который стремился к унификации англиканской доктрины в соответствии с написанной им «Книгой общих молитв». Особое внимание уделялось борьбе с призывами к отмене епископата и переходу к пресвитерианским способам управления церковью. Уильям Лод в «Книге развлечений» («Book of Sports») запрещал пуританское соблюдение субботы и перечислял развлечения, позволительные в воскресный день. В 1637 г. введение «Книги общих молитв» на территории Шотландии спровоцировало восстание в Эдинбурге и затем охватило всю страну. Шотландское общество объединилось для оказания отпора королевскому абсолютизму и посягательствам на национальную религию. 28 февраля 1638 г. в Эдинбурге, в церкви Грейфрайрс, был подписан «Национальный Завет» (ковенант), который призывал шотландцев объединиться и выступить в защиту реформатской веры, против королевской тирании. Первыми подписи поставили дворяне, лидеры восстания, а затем остальные присутствовавшие. Копии документа были разосланы и подписывались по всей стране; по некоторым данным, было собрано более 300 тыс. подписей, подписавших стали называть «Ковенантеры». Строго говоря, это было обновление Завета 1581 г. Документ, составленный А. Хендерсоном и Арчибальдом Джонстоном, лордом Уорристоном, включал текст «Исповедания» 1581 г., акты парламента, осуждавшие папство, и протесты против епископального управления церковью, а также порицание тех действий короля Карла I, которые «...стремятся к воссозданию папской религии и тирании и к свержению и краху Реформатской веры, наших свобод, законов и сословий».