Новый митрополит, благословивший на киевское княжение Юрия Долгорукого, провозгласил «испровержение» «Климовой службы и ставлений»; только диаконы, поставленные Климентом, получили от Константина I разрешение священнодействовать, но лишь после того, как дали новому митрополиту «рукописание», в котором, как полагают исследователи, отрекались от Климента. Климент ещё дважды имел возможность занять митрополичью кафедру. После смерти Юрия Долгорукого (1157 г.) сыновья Изяслава Мстиславича Мстислав и Ярослав изгнали из Киева преемника Юрия Долгорукого князя Изяслава Давыдовича (1158 г.) и позвали на киевский стол своего дядю, Смоленского князя Ростислава Мстиславича. Между князьями Ростиславом и Мстиславом возникли разногласия по поводу замещения митрополичьей кафедры. Мстислав настаивал на кандидатуре Климента («не будеть Константин в митропольи, зане клял ми отца»), Ростислав – на кандидатуре Константина. В итоге решено было пригласить нового первосвятителя из Византии. Константин I удалился в Чернигов и там вскоре скончался. В августе 1160 г. в Киев прибыл из Константинополя митрополит Феодор. В июне 1163 г. Феодор умер, после чего была сделана ещё одна попытка вернуть Климента на митрополичью кафедру. На этот раз кандидатуру Климента поддержал Ростислав Мстиславич, решивший просить за него в Константинополе. С этой целью в Византию был направлен посол, но ему пришлось вернуться, т.к. по дороге русское посольство повстречалось с направлявшимся в Киев новым митрополитом Иоанном IV, посланным Константинопольским патриархом Лукой Хрисовергом. Ростислав сначала не хотел принимать этого митрополита, но после переговоров с сопровождавшим Иоанна послом византийского императора Мануила I Комнина Киевский князь согласился признать цареградского ставленника. С этого времени в летописях прекращаются упоминания о Клименте. Дальнейшая его судьба исследователям неизвестна. По гипотезе Алексея Петровича Толочко, основанной на отождествлении Клима из «Вопрошания Кирикова» с Климом Смолятичем, Климент покинул Русь и провёл последние годы жизни в монастыре на Афоне. Ипатьевская летопись, отразившая киевский свод конца XII в., характеризует Климента как хорошо образованного, книжного человека («бысть книжник и философ так, якоже в Рускои земли не бяшет» – «Полное собрание русских летописей», том 2). До нас дошло лишь одно сочинение, бесспорно принадлежащее Клименту, – обширное Послание к смоленскому священнику Фоме («Послание, написано Климентом, митрополитом Рускым, Фоме прозвитеру, истолковано Афонасием мнихом»), сохранившееся в двух полных списках и в небольшом фрагменте, которые исследователи датируют ХVI в. Это сочинение подтверждает справедливость летописных характеристик Климента как человека выдающейся учёности. По мнению исследователей, из Послания можно понять, что священник Фома укорил Климента в том, что тот тщеславится своей учёностью, мнит себя философом и вместо «почитаемых писаний» ссылается на Гомера, Платона и Аристотеля.