Климент стал вторым после Илариона митрополитом из русских, возведённым на первосвятительский престол Собором русских епископов. Константинопольской патриархией Климент признан не был. Избрание Климента и поставление его в Киеве, а не в Константинополе исследователи объясняют тем, что Изяслав был в союзных отношениях с венгерским королём Гезой, противником византийского императора Мануила I Комнина, и, очевидно, опасался прибытия из Византии враждебного такой политике греческого иерарха. Климент впоследствии писал, что он не искал славы и «власти» («молихся, да бых избавился власти»). В 1147 г., когда киевляне на вече приговорили расправиться с бывшим Киевским князем, принявшим к тому времени монашество, – св. Игорем (Георгием) Ольговичем, «митрополит же много взбраняше им» («Полное собрание русских летописей», том 1), но не был услышан: расправа произошла. С другой стороны, в Ипатьевской летописи, отразившей черниговское летописание этого времени, сообщается: в церкви архангела Михаила над местом, где положили тело князя Игоря, сами собой зажглись свечи, новгородские купцы поведали об этом Клименту, «митрополит же запрети, да никому же не поведять, но повеле потаити такую благодать, Богу явлешю над ним» («Полное собрание русских летописей», том 2). Основным направлением политики Изяслава Мстиславича как Киевского князя было противостояние Оостово-Суздальскому князю Юрию (Георгию) Владимировичу Долгорукому, его родному дяде, который был противником новопоставленного митрополита. Когда в июле 1149 г. войска Юрия Долгорукого вступили в Киев, Изяслав бежал во Владимир-Волынский и «митрополита Клима поя с собою» («Полное собрание русских летописей», том 2). Юрий Долгорукий освободил в Киеве Новгородского епископа Нифонта, которого Изяслав и Климент призвали из Новгорода и за вновь подтверждённое непризнание Климента митрополитом заточили в Киево-Печерском монастыре (см. Киево-Печерская лавра). Смоленский епископ грек Мануил, противник поставления Климента, был вынужден скрываться от его преследования. В 1151 г. Изяслав Мстиславич вернул себе киевский стол. После смерти Изяслава (1154 г.) великое Киевское княжение досталось его брату Смоленскому князю св. Ростиславу Мстиславичу, который всегда был опорой Изяславу в его борьбе с Суздальским князем. В 1155 г. киевский стол вновь занял Юрий Долгорукий, и Клименту пришлось опять оставить Киев, он удалился на Волынь вместе с сыном Изяслава Мстиславом. Осенью того же года в Константинополе был поставлен на Киевскую митрополию митрополит Константин I. В 1156 г. князь Юрий Долгорукий с почестями принял в Киеве митрополита-грека; его встречали и два противника Климента из епископата: Мануил Смоленский и Косма Полоцкий (Нифонт Новгородский скончался в Киеве, не дождавшись приезда Константина I).