Например, при совершении таинства крещения вводился запрет на использование формулы восточного обряда, которая заменялась латинской (с единичным «Аминь» в конце). Евхаристию предписывалось совершать на квасном хлебе без добавления теплоты в потир, а также вопреки практике православной церкви причащать верных как Телом Христовым частицами, вынимаемыми на проскомидии в честь Пресвятой Богородицы, святых, за живых и умерших. Собор одобрил введение в униатской церкви практики служения «читаных месс» – литургий, которые совершались вполголоса одним священником, без хора и иногда без молящихся. При совершении богослужений запрещалось пользоваться книгами в редакции православного Киевского митрополита Петра (Могилы). Собор обязывал Льва Кишку издать Требник, который после одобрения Римом следовало распространять по умеренной цене по всем униатским приходам. В соответствии с определениями Тридентского собора клирикам запрещалось вмешиваться в дела соседних приходов, в том числе совершать там требы без ведома местного настоятеля. Были сформулированы необходимые требования к ставленникам, в том числе относительно их грамотности, а также прохождения шестинедельного воспитания под руководством опытного духовного наставника. Собор определил избегать рукоположений во священство крепостных лиц без освобождения от крепостной повинности ставленников и их семей. Собор признал необязательным соблюдение Петрова поста, были добавлены латинские праздники Тела Христова и Страждущей Девы Марии, а также празднование памяти Иосафата Кунцевича (глава 16), но при этом запрещено почитать святым Григория Паламу (глава 17). Собор расширил полномочия Киевского митрополита: в пятой главе утверждалась обязанность митрополита наблюдать за порядком в епархиях, все епископы митрополии обязаны ему подчиняться. В случае смерти какого-либо епископа митрополит получал право заведовать вакантной кафедрой или назначать для этого другого епископа. При вакации Киевской кафедры заведование её делами поручалось Полоцкому архиепископу, пока Папский престол не назначит нового митрополита. Согласно шестой главе, требованием к кандидату в епископы было обязательное монашество в Ордене василиан и новициат в Ордене не менее года и шести недель. Тем самым Замойский собор закреплял сложившуюся практику подготовки униатского епископата и определял место василиан в этом процессе. В соответствии с требованиями Тридентского собора епископ должен был проживать в своей епархии (исключение делалось для униатского архиепископа Смоленского) и не реже чем раз в два года совершать визитации приходов. В епархиях учреждались должности официала, которому поручалось ведение канонических дел (например, бракоразводных) и которого рекомендовалось избирать из числа белого духовенства (глава 7), а также канцлера или письмоводителя для ведения и упорядочения дел (глава 8). Священники были обязаны постоянно жить в приходах, отлучаться они могли не больше чем на три недели с разрешения благочинного (глава 10). Замойский собор внёс изменения в порядок взаимоотношений правящих униатских епископов и василиан (глава 11). Все монастыри, не входившие в Орден и подчинённые епископам Владимиро-Волынской, Холмской, Львовской и Перемышльской епархий, должны были составить Русскую провинцию в Ордене василиан, а Папский престол – назначить её протоархимандрита. Основывать монастырь можно было только с разрешения правящего епископа.