В конце 1708 г. избран настоятелем супрасльского в честь Благовещения Пресвятой Богородицы мужского монастыря. 29 ноября 1709 г. Лев Кишка получил от польского короля Августа II Сильного «заручный лист» против притязаний виленского старосты Криштофа Ходкевича на несколько имений, принадлежавших Супрасльскому монастырю. В 1710 г. по просьбе Льва Кишки король Август II даровал Супрасльскому монастырю привилегию на восстановление типографии и издание книг на латинском, польском и русском языках; в 1713 г. восстановление работы типографии было одобрено римской Конгрегацией пропаганды веры. С 1711 по 1728 гг. типография Супрасльского монастыря издала сорок книг на польском языке, 13 – на латыни, 12 – набранных кириллицей. Для нужд типографии Лев Кишка организовал при монастыре бумажную фабрику. В 1711 г. Лев Кишка получил в управление Владимиро-Волынскую епархию, в том же году в городе Самбор митрополит Юрий Винницкий единолично рукоположил его в сан епископа. Стремясь возродить при кафедральном соборе Владимира-Волынского капитул, Лев Кишка встретил неодобрение местных василиан. Его отставка с должности протоархимандрита Ордена состоялась 30 июля 1713 г. на Виленской конгрегации василиан. Новым протоархимандритом был избран противник Льва Кишки игумен Василий Процевич. 16 февраля 1714 г., после смерти митрополита Юрия Винницкого (12 сентября 1713 г.), Лев Кишка был избран униатским Киевским митрополитом; он сохранил за собой управление Владимиро-Волынским и Брестским епископствами. С целью упорядочить церковную жизнь в епархиях Лев Кишка провёл во Владимире-Волынском расширенный епархиальный Собор (13–15 октября 1715 г.), а также создал епархиальную духовную семинарию на основе василианского училища при Успенском соборе города Владимира-Волынского. В качестве основы для учебной программы семинарии Лев Кишка взял «Ratio studiorum» иезуитов, в которую добавил изучение литургики восточного обряда, но свёл к минимуму преподавание церковнославянского языка и употребление русского. После смерти Льва Кишки семинария прекратила существование. Создание епархиальной духовной семинарии вместо училища василиан ещё больше осложнило отношения нового митрополита с Орденом василиан. В 1717 г. на конгрегации в Новогрудке протоархимандритом Ордена был избран Максим Ветржинский, бывший аудитор Киевской митрополии. Максим Ветржинский вступил в конфликт с Львом Кишкой из-за Львовского Онуфриевского и Пустынского монастырей, которые митрополит без согласия Ордена передал в 1718 г. в управление Смоленскому епископу Лаврентию Друцкому-Соколинскому. В ответ Лев Кишка 26 июля 1719 г. провёл в Холме (ныне Хелм Люблинского воеводства, Польша) капитул с участием настоятелей большинства василианских обителей, на котором было вынесено решение о лишении Максима Ветржинского должности протоархимандрита. 19 сентября того же года генеральная конгрегация василиан в Новогрудке под давлением Льва Кишки была вынуждена подтвердить это решение. Проведя в 1715 г. епархиальный Собор во Владимире-Волынском, Лев Кишка хотел созвать Собор униатской церкви, чтобы на нём были приняты решения по урегулированию частых конфликтов между католиками латинского обряда и униатами, по унификации литургической практики униатов, по созданию епархиальных семинарий для подготовки духовенства, а также по упорядочению взаимоотношений между униатским митрополитом и василианами.