В том же году Лев Кишка обратился к папскому нунцию в Речи Посполитой архиепископу Джироламо (Иерониму) Гримальди с просьбой о содействии в получении папского разрешения на созыв Собора. Среди других причин для его созыва Лев Кишка назвал распространение среди католиков восточного обряда ереси «филиппонов» (подразумевая под ними старообрядцев-филипповцев), а также необходимость установления границ епархий и упорядочения дисциплины униатского духовенства. Папа Римский Климент XI бреве от 20 марта 1716 г. поручил нунцию в Речи Посполитой архиепископу Джироламо Гримальди созвать и возглавить в качестве председателя «синод для рассуждения о делах, касающихся митрополичьей русской Церкви». Однако проведению Собора в 1716 г., скорее всего, по мнению исследователей, помешал ввод саксонских войск в Речь Посполитую. 11 мая 1720 г. Лев Кишка отправил послание, в котором объявил о проведении Собора во Львове ради необходимости «исправления упавшей дисциплины и восстановления первоначальной чистоты нравов». Из-за «морового поветрия» 20 июня 1720 г. Лев Кишка разослал уведомление о переносе Собора в город Замостье (ныне Замосць Люблинского воеводства, Польша). Бреве от 19 июля 1720 г. папа Климент XI приветствовал созыв Собора униатских епископов и духовенства. 26 августа 1720 г. Собор открылся в городе Замостье в церкви Успения Пресвятой Богородицы и св. Николая под председательством нунция Джироламо Гримальди. В первый день работы Замойского собора 129 участников подписали исповедание католической веры по составленной для греко-католиков формуле, утверждённой папой Римским Урбаном VIII. 1 сентября на втором заседании участникам Собора были зачитаны папские буллы и декреты, содержавшие вероучительные положения и дисциплинарные предписания (компилятивная булла «Coena Domini», конституция папы Климента XI «Unigenitus» против янсенизма и галликанизма и др.). Из-за того что Смоленский архиепископ Лаврентий Друцкий-Соколинский прибыл на Собор с опозданием, и подписание им исповедания католической веры состоялось позднее, третье и последнее заседание Замойского собора открылось 17 сентября. По пожеланию Льва Кишки участникам Собора были зачитаны итоговые тексты соборных декретов, объединённые в 19 глав (титулов). Согласно первой главе, вступающие на какие-либо церковные должности (митрополит, епископы, архимандриты, пресвитеры, другие клирики), монахи и монахини, а также те, кто получали академические степени, должны были обязательно ознакомиться с католическим исповеданием веры по формуле папы Урбана VIII, переведённым на понятный униатам язык, и подписать его. После окончания Собора всем указанным лицам в течение трёх месяцев надлежало под страхом лишения должности и отлучения от церкви подписать текст исповедания веры. Во второй главе митрополиту поручалось издание католического катехизиса для униатов, а духовенству вменялось в обязанность чтение проповедей или хотя бы отрывков катехизиса; за уклонение от проповеди и катехизации вводился штраф с духовенства в размере 10 злотых. В третьей главе, посвящённой таинствам, излагались нормы, положившие начало процессу широкой латинизации богослужебных обрядов в униатской церкви, становлению особой литургической традиции, отличной как от латинского обряда, так и от обрядов православной церкви.