Здесь разместились настоятельские кельи, которые упоминаются в описях монастыря 1781 и 1811 г., а также в книге академика Николая Яковлевича Озерецковского (Российский государственный исторический архив; Государственный архив Новгородской области). Определить время постройки западной части корпуса исследователи считают возможным лишь после проведения археологических раскопок. Никольская церковь входит в типологический ряд новгородских построек XVI в., в которых храм и трапезная палата составляют два разных объёма, объединённых в композиционное целое. Это – Сретенская церковь в Антониевом монастыре, Троицкая церковь в Духовом монастыре и церковь преподобного Варлаама Хутынского в Варлаамиевом Хутынском в честь Преображения Господня монастыре, а также Благовещенский храм на Михайловой улице. По мнению исследователей. каждая из этих построек, имея черты сходства, отличается индивидуальностью исполнения: в их строительстве принимали участие новгородские, ростовские и московские зодчие. В начале XIX в., при игумене Герасиме (Гойдукове), в одностолпном трапезном зале на втором этаже была устроена церковная паперть, по сторонам которой разместили приделы в честь Тихвинской иконы Божьей Матери (освящён в 1811 г.) и во имя мученика Иоанна Воина (освящён в 1812 г.). В 1809 г. в храме был настлан новый тесовый пол, сложены две изразцовые печи, стены украшены живописью. После пожара, случившегося в 1812 г., когда сгорели все верхние конструкции, был сделан новый купол с главой, а вся постройка перекрыта железом. В 1810 г. живописец Яков Назаров расписал стены настоятельских келий (Российский государственный архив древних актов). По мнению исследователей, к этому времени относится и растёска окон с арочным завершением в церкви и на втором этаже бывшей трапезной палаты и настоятельских келий, а также устройство на всём здании новых карнизов. Последний значительный ремонт сооружения исследователи относят к 1850–1860 гг. Приходо-расходные книги 1861–1862 гг. зафиксировали окончание работ: для церкви закупались стёкла, а в настоятельских кельях благоустраивался интерьер (Российский государственный архив древних актов; Государственный архив Новгородской области). По мнению исследователей, в 1850 гг. были растёсаны окна с лучковым завершением на первом этаже бывшей трапезной палаты и настоятельских келий. Северную стену здания облицевали кирпичом, и она утратила первоначальный декор. Последнюю перестройку, повлиявшую на облик здания, исследователи относят к началу XX в. На фотографиях этого времени и 1930 гг. церковь уже не имеет восьмерикового завершения. Её четверик перекрыт четырёхгранной кровлей с изломом, над которой возвышается маленькая главка. Постепенное разрушение здания началось после упразднения обители: была разобрана западная часть настоятельского корпуса. В 1964 г. рухнул свод трапезной палаты, а в 1980 гг. – западная часть здания. Руины памятника обмерены, исследованы, выполнен проект реставрации (автор – Н.Н. Кузьмина), ведутся восстановительно-реставрационные работы. Надвратная колокольня на восточной линии монастырской застройки, объединённая с братскими кельями, возведена в 1804–1805 гг.