Здесь храм представлен с несколько большими окнами в стенах четверика. Наличники в виде разорванных фронтонов, характерных для архитектуры петровского времени, указывают на растёску окон в конце XVII – начале XVIII вв. Северные приделы показаны с общей вальмовой кровлей, но их первоначальные главы сохранены; реалистично изображено сохранившееся каменное крыльцо западной паперти. К началу XVIII в. в соборе был поставлен новый резной иконостас вместо первоначального тяблового. Cохранилось одно тябло (исполнено в технике сквозной резьбы) со следами цветочного орнамента, которое использовали для укрепления рамы нового иконостаса. Резные колонны по сторонам царских врат были выполнены в виде вьющихся стеблей и гроздьев винограда – характерный мотив резных иконостасов петровского времени. К рубежу XVII и XVIII вв. по стилистическим особенностям исследователи относят создание стенных росписей Троицкого собора, сохранившихся с большими утратами. В XVIII в. были упразднены три придела – два северных и южный; на месте северных приделов устроили ризницу; в связи с этим были разобраны первоначальные главы приделов. Над Покровским приделом была возведена новая глава (Российский государственный исторический архив). В первой четверти XIX в. в соборе были проведены большие работы: по мнению исследователей, была разобрана колокольня, за счёт этого расширен нижний ярус Покровского придела и устроен новый коробовый свод. В 1804 г. после завершения работ для придела был освящён новый антиминс (Государственный архив Новгородской области). В описи 1810 г. колокольня при Троицком соборе не упоминается. В 1814–1815 гг., при игумене Герасиме (Гойдукове), стены основного объёма собора были надложены, сделан новый карниз и вальмовая кровля. К западу от трёх первоначальных глав были поставлены две новые на деревянных барабанах. Исследователи полагают, что к этому времени можно отнести растёску двух окон с арочным верхом в центральных пряслах южного и северного фасадов. Над приделом и крыльцом появились небольшие деревянные восьмерики с главками. В 1819–1820 гг. на центральном барабане устроили новую металлическую главу. В результате храм утратил живописную асимметрию и сложность объёмно-пространственной композиции. Толстый слой штукатурки скрыл богатое декоративное оформление первоначальных барабанов (Отдел хранения письменных источников Новгородского государственного объединённого музея; см. Герасим (Гойдуков); Российский государственный архив древних актов). Согласно исследованиям реставраторов, северные приделы, приспособленные в XVIII в. под ризницу, ещё раз подверглись кардинальной перестройке: были заново возведены их северная и восточная стены, разобрана внутренняя стена, разделявшая приделы, сделаны новые перекрытия. Документы первой половины XIX в. упоминают два отдельных помещения – ризницу и рухольную палатку, квадратные в плане и имевшие одинаковые размеры. При этом размеры указаны разные: 3 сажени 2 аршина х 3 сажени 2 аршина; 2 сажени 2 аршина х 2 сажени 2 аршина; 4 сажени 2 аршина х 4 сажени 2 аршина (Государственный архив Новгородской области, Отдел хранения письменных источников Новгородского государственного объединённого музея; Российский государственный архив древних актов).