Д.А. Петров, не доверяя житийному рассказу, относит возведение Покровской церкви Свирского монастыря к 1580 гг., основываясь на композиции и особенностях декора этого памятника. На основании даты строительства Покровской церкви, содержащейся в житийном рассказе, исследователи предполагают, что каменная трапезная Клопского Михайловского монастыря была сооружена раньше и послужила образцом для трапезной Свирской обители. Во всяком случае, время строительства Никольского храма с трапезной исследователи ограничивают 1530–1570 гг. Его объёмно-пространственную композицию исследователи считают характерной для новгородских трапезных XVI в.: к высокому четверику церкви с запада примыкает пониженная и более широкая двухэтажная одностолпная трапезная палата. Западная часть протяжённого корпуса была разобрана в 1930 гг., и поэтому ответить на вопрос о времени её сооружения исследователи могут только с помощью археологических раскопок. От церкви сохранились стены с поздним карнизом и апсида. Её завершение утрачено. На южной стене и в нижней части апсиды уцелели первоначальные оконные проёмы в глубоких нишах. Окна второго яруса растёсаны на месте древних или пробиты в XIX в. Бесстолпное помещение храма на втором этаже перекрыто сомкнутым сводом. Двухэтажная трапезная палата имеет многочисленные утраты: разрушена западная часть постройки, обрушился свод трапезного зала. Фасады церкви и трапезной по вертикали разделены лопатками на прясла. В уровне междуэтажного перекрытия проходила горизонтальная тяга, срубленная при поздних перестройках. На лопатках южного фасада церкви и трапезной сохранились нишки с килевидным завершением. В восточной прясле трапезной уцелел декор в виде сдвоенных арочек с гирькой в центре. Аналогичный декор исследователи обнаружили и на фасадах церкви. На второй с востока лопатке раскрылась половина круглой профилированной ниши. На основе натурных обследований и изобразительного материала Л.Е. Красноречьев и Н.Н. Кузьмина в разное время выполнили графические реконструкции храма и трапезной в формах XVI в. Они различаются характером завершения четверика и декоративным оформлением фасадов, более точно, по мнению исследователей, реконструированным у Н.Н. Кузьминой. Форма изначального завершения храма остаётся исследователям неизвестной. Своды и кровля были разобраны, по мнению исследователей, в XVIII в. В 1747 г. монастырские власти подали прошение в Синод о разрешении разобрать ветхие своды в церкви и трапезной и начать сбор денег для этой цели (Государственный архив Новгородской области). Гипотетичной остаётся реконструкция западного объёма с крыльцом, который исследователи относят к XVI в. Основанием для данной датировки является изображение Клопского Михайловского монастыря на стене диаконника главного, Троицкого собора. На рисунке Августина Мейерберга середины XVII в. показан гораздо меньший объём в пять оконных осей по южному фасаду, т.е. одностолпное помещение трапезной. Исследователи предполагают, что западная часть протяжённого корпуса была пристроена позднее – во второй половине XVII в.