После 2002 г. удалось обнаружить дополнительные следы сводов приделов и колокольни, стен между приделами и других архитектурных форм и конструкций, которые позволили разработать новый вариант проекта реставрации (автор – Н.Н. Кузьмина). Из двух вариантов проекта (компромиссного, предусматривающего консервацию основного объёма с сохранением форм XIX в. (четырёхскатная кровля, поздний карниз), восстановление приделов и колокольни в формах XVI в., и варианта реставрации памятника в первоначальных формах) после повторного рассмотрения был утверждён второй. К 2012 г. были восстановлены первые ярусы колокольни и южные приделы собора. Точная дата возведения церкви во имя Николая Чудотворца с трапезной палатой исследователям неизвестна. В письменных источниках, а также в трудах дореволюционных исследователей постройка датируется либо периодом правления царя Ивана IV Васильевича Грозного, либо 1632 г. (Отдел хранения письменных источников Новгородского государственного объединённого музея). Л.Е. Красноречьев относил строительство трапезной к 1570 г., Екатерина Алексеевна Турова предположила, что трапезная палата и храм сооружены в 1530–1540 гг., Дмитрий Аркадьевич Петров и Элиса Алексеевна Гордиенко считали, что трапезная построена в 1560 гг., т.е. незадолго до закладки Троицкого собора. Датировку трапезной 1632 г. не исследователи не могут принять, поскольку «церковь с трапезою камена Никола Чюдотворец» упоминается в описи монастыря 1581–1582 гг. и в описи Новгорода 1617 г.; верхней временно́й границей может служить дата описи 1581–1582 гг. Стилистический анализ архитектурных форм также не позволяет исследователям вывести памятник за пределы XVI в. В пользу более ранней датировки Никольской церкви свидетельствуют различные факты. В описи 1581–1582 гг. Троицкий собор назван вновь построенным («поставлен ново»), но о Никольской церкви этого не сказано. В описи монастыря XIX в. упоминаются два колокола, отлитые в 1531 г., с одинаковыми надписями: «Лета 7039 лит колокол сей в обитель Живоначальныя Троицы и Чюдотворца Николая и к Покрову Пресвятыя Богородицы и Святителю Михаилу» ((Российский государственный архив древних актов). В надписи особо выделены два главных престола – Святой Троицы и святителя Николая Чудотворца, тогда как придельные храмы Троицкого собора XV в., в честь Покрова Пресвятой Богородицы и во имя преподобного Михаила Клопского, названы после них. Отливка сразу двух колоколов – важное событие в монастырской жизни (по мнению исследователей, оно связано с сооружением трапезной палаты с храмом, где обычно устраивались звонницы). По мнению исследователей, в сравнении с другими памятниками новгородской архитектуры XVI в. Никольская церковь обнаруживает наибольшее стилистическое сходство с Покровской трапезной церковью монастыря Александра Свирского. Автор Жития преподобного Александра Свирского, его ученик Иродион, свидетель строительства двух каменных храмов в обители, сообщает о том, что Покровская церковь с трапезной была заложена незадолго до кончины преподобного Александра, последовавшей в 1533 г. (Отдел хранения письменных источников Новгородского государственного объединённого музея).