После мученической кончины патриарха Ермогена (17 февраля 1612 г.) Кирилл IV наряду с Казанским митрополитом Ефремом, который находился в Казани, стал одним из наиболее авторитетных русских иерархов. В 1613 г. Ростовский митрополит принял участие в приглашении на царство Михаила Фёдоровича Романова, находившегося в Костроме, и в его торжественной встрече в столице. Грамота, приглашавшая Михаила Фёдоровича на царство, была написана от имени Кирилла IV и освященного Собора. Ответные грамоты от Михаила Фёдоровича и его матери инокини Марфы были адресованы «великому господину преосвященному Кириллу, митрополиту Ростовскому». Кирилл IV председательствовал на прошедшем в начале 1613 г. избирательном Земском соборе. При его участии в январе 1613 г. была составлена грамота о пожаловании князю Дмитрию Тимофеевичу Трубецкому Ваги (ныне город Шенкурск) за его заслуги в освобождении страны; грамота была торжественно вручена в Успенском соборе. Кирилл IV подписал грамоты о сборе доходов на содержание войска и Уложенную грамоту об избрании на царство Михаила Фёдоровича. От имени Кирилла IV и членов Боярской думы 25 феврал рассылались грамоты об избрании на царство Михаила Романова. В качестве главы освященного Собора Кирилл IV указан в двух грамотах от 27 февраля 1613 г. о сборе доходов воеводами и приказными людьми на местах и о присылке денег в Москву. Венчание на царство Михаила Фёдоровича в Успенском соборе Московского Кремля 11 июля 1613 г. совершил не Кирилл IV, а Казанский митрополит Ефрем, отсутствовавший в Москве во время выборов и приехавший туда вместе с новым царём. Во время венчания Кирилл IV подносил митрополиту Ефрему крест и скипетр для вручения царю. Исследователи находят показательным, что власти второго ополчения, наметив кандидатов на епископские кафедры (Суздальскую, Крутицкую), направляли их на поставление в Казань. Митрополит Ефрем в конце 1613 г. скончался, и управление церковью перешло местоблюстителю патриаршего престола Крутицкому митрополиту Ионе (Архангельскому), поставленному в конце мая 1613 г. в Москве; главой Русской церкви официально именовался находившийся в польском плену митрополит Филарет. В этих условиях Кирилл IV мог удалиться в Ростовскую епархию, которая подверглась разорению в Смутное время. В книгах Печатного приказа 1613–1615 гг., где фиксировалось взимание пошлин при выдаче жалованных грамот, никаких жалованных грамот на имя Кирилла IV не отмечено. 20 сентября 1615 г. митрополит получил от царя грамоту «на домовые вотчины». По благословению Кирилла IV в 1616 г. был основан ярославский во имя святителей Афанасия и Киралла мужской монастырь в память о прекращении в Ярославле в 1612 г. эпидемии после молитв перед чудотворной иконой Нерукотворного образа Спасителя. При Кирилле IV в ростовском Борисоглебском на Устье мужском монастыре подвизался затворник Иринарх; после преставления преподобного 26 января 1616 г. Кирилл IV благословил игумена Петра совершить погребение в ископанной преподобным Иринархом при жизни пещере около Борисоглебского собора. Кирилл IV был похоронен в ростовском Успенском соборе у южной стены, погребение сохранилось.